Het immuunsysteem werkt heel graag een leger. Bepaalde cellen vormen een commandopost op de activiteiten van de soldaat cellen te richten. Twee soorten troepen gemobiliseerd: killer T-cellen en antilichamen. Deze gaan in actie, afhankelijk van het type indringer die het monteren van een aanslag op je lichaam. Killer T-cellen worden gebruikt om te vechten tegen virussen. Virussen dringen en verbergen in lichaamscellen zodat de cellen waarin ze wonen moeten worden vernietigd. Als de indringers zijn bacteriën, de antilichamen in actie. Bacteriën hebben geen cellen binnen te vallen, maar in plaats daarvan buiten blijven. De antilichamen omringen, immobiliseren en de bacteriën te vernietigen.
Het immuunsysteem heeft ook een geavanceerd systeem van gegevensverzameling. Speciale cellen zich vorige invasies dus als hetzelfde micro-organisme binnendringt een tweede of derde keer deze geheugencellen mogelijk het immuunsysteem reageren sneller en met grotere kracht. Al deze oorlogen voeren voortdurend in ons lichaam zonder ons medeweten. De enige keer dat we ons bewust van de slag worden is wanneer het immuunsysteem begint te verliezen. Echter, dit systeem soms storingen en monteert een offensief tegen onze eigen lichaamscellen, ze verwarren voor buitenlandse indringers. Wanneer dit gebeurt, wordt het resultaat genoemd een autoimmuunziekte.
Auto-immuunziekten kunnen overal in het lichaam treffen. Er zijn drie die voorkomen in de mond. Eén daarvan is pemphigold. Pemphigold produceert grote blaren in de mond. De tweede ziekte pemphigus creëert blaren in de mond en op de huid. Ze beginnen gewoonlijk in de mond maar het is ook mogelijk dat zij in de mond blijft en niet migreren naar de huid. Deze blaasjes barsten gemakkelijk en dan schurft voorbij. Deze kunnen heel gemakkelijk worden besmet. Als ze worden genegeerd en niet behandeld te zullen verspreiden in de huid en kan zelfs dodelijk zijn. Noch pemphigold noch pemphigus is een veel voorkomende ziekte.
Wanneer een patiënt blijkt een van deze ziekten, zal de tandarts een klein deel van de blister voor onderzoek onder een microscoop te extraheren. Beide ziekten worden behandeld met corticosteroïden. De tandarts kan ook medicijnen voorschrijven om het immuunsysteem te onderdrukken. En als de blaren besmet, kan de tandarts ook dien anti-biotica.
De derde auto-immuunziekte die voorkomt in de mond erythema multiforme. Nogmaals, dit is geen gemeenschappelijk ziekte optreedt in een zeer klein percentage van de bevolking. Wanneer het staking doet, meestal van invloed op jonge volwassenen, mannen in het bijzonder. Zowel blaren en zweren verschijnen in de mond en zelfs uitbreiden naar de lippen. Het begin van de ziekte snel plaats. Vijftig procent van de patiënten ontwikkelen ook een huiduitslag. Er is een meer ernstige vorm van de ziekte waarbij de zweren kunnen verspreiden naar andere delen van het lichaam. Ongeveer een week voorafgaand aan het uitbreken van de zweren, zal de patiënt een aantal symptomen die lijken op griep, zoals koorts, hoesten, keelpijn en hoofdpijn ervaren. De zweren kunnen duren twee tot zes weken. Milde vormen van de ziekte verdwijnen meestal zonder behandeling. Ernstige uitbraken worden behandeld met corticosteroïden.