Abstracte achtergrond
Er zijn aanwijzingen voor een genetische bijdrage aan chronische parodontitis. In deze studie hebben we voerde een genoomwijde associatie studie onder 866 deelnemers aan de Universiteit van Pittsburgh Dental Register en DNA Repository, wiens parodontale diagnose varieerde van gezonde (N = 767) tot ernstige chronische parodontitis (N = 99).
Methods
genotypering
i van meer dan een half miljoen single nucleotide polymorphisms werd bepaald. Analyses werden twee keer gedaan, eerst in de volledige dataset van alle etnische groepen, en de tweede met alleen gedefinieerd als zelf-gerapporteerde Whites samples. Vanaf de top 100 resultaten, twintig single nucleotide polymorphisms had consistente resultaten in beide analyses (borderline p-waarden, variërend van 1E-05 tot 1E-6) en werden geselecteerd om te worden getest in twee onafhankelijke datasets afgeleid van 1.460 personen uit Porto Alegre, en 359 van Rio de Janeiro, Brazilië. Meta-analyses van de single nucleotide polymorphisms met een trend voor vereniging in de onafhankelijke dataset werden uitgevoerd.
Resultaten
De rs1477403 marker op 16q22.3 toonde suggestieve associatie in de ontdekking fase en in de Porto Alegre dataset (p = 0,05). De meta-analyse stelde de minder algemene allel vermindert het risico van chronische parodontitis.
Conclusies
Onze data bieden een duidelijke hypothese om zelfstandig te worden getest met betrekking tot de bijdrage van de 16q22.3 locus chronische parodontitis.
Trefwoorden
parodontitis Chronische parodontitis Agressieve parodontitis genetica Medische genetica genetisch polymorfisme Electronic aanvullend materiaal
De online versie van dit artikel (doi:. 10 1186 /1472-6831-14-84) bevat aanvullend materiaal, dat beschikbaar is voor geautoriseerde gebruikers. achtergrond
Hoewel familie studies suggereren dat omgevingsfactoren zijn de belangrijkste determinanten van de variantie in chronische parodontitis [1-5], vergelijkingen tussen opgefokt-elkaar en -naast volwassen monozygous tweelingen geven aan dat de vroege familiale omgeving heeft geen merkbare invloed op parodontale status van volwassenen [6]. Verscheidene associatie studies zijn de afgelopen tien jaar gericht op genetische factoren te identificeren die bijdragen tot chronische parodontitis gepubliceerd [7]; echter, de resultaten niet nood- afhankelijk van de onderzochte populatie [8].
Recenter een genoom brede associatiestudie [9, 10] zoals 1020 en 4504 deelnemers zelf verstaan blanken gekozen uit de Atherosclerosis Risk in Gemeenschappen (ARIC) longitudinale cohort suggereerde een paar nieuwe loci om mogelijke bijdragen aan chronische parodontitis, hoewel geen van hen bereikten formele statistische significantie. Bovendien, de twee lijsten met bijbehorende single nucleotide polymorphisms van ARIC onderzochte monsters [9, 10] niet duidelijk overlappen. Divaris et al. [9] ook analyses op basis van bacteriële kolonisatie van acht soorten en de resultaten suggereren aanvullende loci die kunnen bijdragen aan individuele gevoeligheid worden gekoloniseerd door specifieke bacteriële groepen.
In deze studie hebben we rekening gehouden met de aanwezigheid van etnische bijgemengd onderzoeken de associatie tussen genetische variatie en chronische parodontitis. Een genoom-brede vereniging scan voor chronische parodontitis werd uitgevoerd, inclusief analyse bepalen door rookgewoonten en diabetes status en geënsceneerd door het stapsgewijs toevoegen van monsters uit verschillende etnische groepen, de rol van genen bij deze ziekte aan te pakken. Onze resultaten bieden een duidelijke hypothese om zelfstandig te worden getest met betrekking tot de bijdrage aan de 16q22.3 en 21q22.11 loci tot chronische parodontitis.
Methods
Discovery steekproef
Alle patiënten waren deelnemers aan de Dental Register en DNA Repository (DRDR) van de Universiteit van Pittsburgh School of Dental Medicine. Vanaf september 2006, alle personen die behandeling te zoeken aan de Universiteit van Pittsburgh School of Dental Medicine zijn uitgenodigd om een deel van het register zijn. Ze geven schriftelijke informed consent machtiging van de extractie van gegevens uit hun gebit. Ook bieden ze een speeksel monster waaruit DNA kan worden gewonnen. Ongestimuleerde speekselmonsters werden verkregen van alle deelnemers (individuen werd gevraagd spugen) en opgeslagen ii bij kamertemperatuur totdat verwerkt. Nr centrifugering werd uitgevoerd in de speekselmonsters. DNA werd geëxtraheerd volgens de instructies van de fabrikant. De universiteit van Pittsburgh Institutional Review Board keurt dit project en alle personen tekenden een schriftelijke informed consent document voorafgaand aan de deelname.
In januari 2010, de gegevens van 886 personen werden geëxtraheerd uit het register voor dit project. Twintig personen jonger dan 17 jaar werden uitgesloten. De gemiddelde leeftijd van de deelnemers was 41,2 jaar met een leeftijd van 25 tot 89 jaar oud. Honderd en achtentwintig waren rokers en 44 hadden diabetes. Deelnemers met 30% of meer tanden met plaatsen van klinische aanhechtingsverlies van vijf millimeter of meer werd gedefinieerd als het hebben van chronische parodontitis [11, 12]. Deelnemers die aanhechtingsverlies van vijf millimeter had in minder dan 30% van de sites werden niet opgenomen in de studie. Nr gevallen agressief parodontitis werden gediagnosticeerd werden in deze studie. Negenennegentig patiënten werden gediagnosticeerd met chronische periodontitis (42 vrouwen en 57 mannen in de leeftijd van 30 tot 83 jaar oud). Op basis van hun zelf-gerapporteerde etniciteit 63 waren wit, 32 zwarte en vier behoorden tot andere etnische groepen en deze patiënten bestond uit de getroffen groep. Niet-getroffen personen waren 767 (382 vrouwen en 385 mannen met leeftijden variërend 25-84 jaar). Op basis van hun zelf-gerapporteerde etnisch 543 Verklaart in wit, zwart 158 en 66 op grond van andere groepen (Tabel 1). Verdere details worden gepresenteerd als extra bestand 1 (bijlage 1: "fenotype Definition"). De Dental register en DNA Repository is een ziekenhuis op basis project verwacht wordt dat klinische gegevens worden opgenomen door een aantal verschillende professionals. Al het onderzoek werden gecontroleerd op de mogelijkheid dat gevallen agressieve periodontitis.Table 1 Samenvatting van de studie populatie
Variable
Pittsburgh
Porto Alegre
Rio de Janeiro
N
866
1460
359
Parodontitis de status
optreedt
99 (11,4%)
430 (29,4%)
183 (51%)
niet optreedt
767 (88,6%)
1030 (70,6%)
176 (49%)
gemiddelde leeftijd (Jaren )
41
40
56
Sex
Vrouwtjes
439 ( 50,7%)
784 (53,7%)
257 (71,6%)
Mannetjes
427 (49,3%)
676 (46,3%)
105 (28,4%)
Etnische achtergrond
Witte
606 (70%)
1188 (81,4%)
288 (80,2%)
Black
190 (21,9%)
272 (18,6%)
71 (19,8%)
Andere
70 (8,1%)
0
0
Etnische achtergrond
Witte
63
348
147
In personen met
Black
32
82
36
met Parodontitis
Andere
4
0
0
roker
128 (14,8%)
430 (29,4%)
39 (10,9%)
Zelf-gerapporteerde diabetes
44 (5,1%)
40 (2,7%)
31 (8,6%)
DNA-monsters werden gegenotypeerd voor 620.901 single nucleotide polymorphisms (SNPs) iii. Details van onze macht berekeningen worden gepresenteerd als aanvullend bestand 1 (bijlage 2: "Power Berekeningen van de Discovery Sample" en Aanvullende bestandsinformatie 1). De specifieke SNP-array opstelling omvat SNPs die representatief zijn voor individuen zowel Afrikaanse en Europese afkomst [13], waarbij we een belangrijk aspect van het ontwerp beschouwd zijn, aangezien de studiegroep bestond uit individuen die zelf-gerapporteerde blanken of zwarten zijn.
associatie tussen de status van parodontitis genegenheid en elke single nucleotide polymorfisme in de hele genoom werd getest met behulp van Plink [14] en alle analyses werden gecorrigeerd voor leeftijd, geslacht, diabetes status van (ja of nee), en rookstatus (roker of niet-roker ), variabelen die zijn geassocieerd met verschillende niveaus parodontitis [15-19]. Gegevens over ex-rokers was niet consistent in alle register dataset en deze variabele werd niet gebruikt in de analyse. In de analyse van de volledige dataset, we ook gecorrigeerd voor de belangrijkste componenten uit een evaluatie van de bevolking structuur, zoals beschreven in het Aanvullend bestand 1 (Bijlage 3: "Genome Wide Analysis," Bijlage 4: "Aanpassing voor etniciteit in het genoom brede analyse , 'extra 1). We vervolgens herhaald deze analyses met samples van White individuen alleen (Extra-bestand 1). Om rekening te houden voor meerdere testen, een p-waarde van minder dan 1E-07 (0,05 /473.514) werd statistisch significant beschouwd.
Follow-up monsters
van de 100 resultaten met de laagste p-waarden, hebben we gekozen voor de meest consistente bevindingen (de bevindingen die nog steeds een trend van associatie vertonen) zowel analyses (bijv
analyses van de volledige dataset en monsters van Wit individuen;. Aanvullende bestandsinformatie 1), die bestaat uit twintig single nucleotide polymorphisms (Tabel 2). Deze werden vervolgens getest in twee onafhankelijke basis van de bevolking cohorten uit Brazilië. Details van deze monsters worden gegeven in tabel 1 en als aanvullend bestand 1 (Bijlage 5: "Details van de Follow Up Samples"). Definitie van parodontitis gebruikt was hetzelfde als beschreven in de ontdekking sample.Table 2 Samenvatting van de resultaten van de genoomwijde associatie scans en onafhankelijke analyse van chronische parodontitis
Marker
Minor allel frequentie
Locus
ligging /gen
Genome breed scan p-waarde van alle monsters (99 getroffen, 767 onaangetast)
Genome breed scan p-waarde blanken alleen (63 getroffen , 543 onaangetast)
Independent Porto Alegre cohort p-waarde (430 getroffen, 1030 onaangetast)
Independent Rio de Janeiro cohort p-waarde (183 getroffen, 176 onaangetast)
rs10858049
0.19
1p13.2
DENND2C
9.54E-05
0.01
0.78
0.3
rs4572866
0.19
4p15.2
Intergenic
5.80E-05
0.0006
0.49
0.42
rs6905786
0.45
6q16.2
Intergenic
1.41E-05
0.0003
0.65
0.72
rs7740539
0.26
6q21
Intergenic
1.39E-05
2.85E-05
0.16
0.65
rs10266202
0.41
7p21.3
Intergenic
3.89E-05
0.0003
0.68
0.4
rs4735081
0.4
8q23.1
Intergenic
1.80E-05
4.71E-05
0.48
0.86
rs6597536
0.15
9q34.13
MED27
3.62E-05
0.0002
0.91
0.9
rs1954179
0.34
10q25.2
RBM20
7.42E-05
0.0008
0.85
0.82
rs10501568
0.1
11p14.1
DLG2
8.81E-06
9.38E-05
0.58
0.66
rs1026477
0.47
11p14.1
MPPED2
5.48E-05
2.79E-06
0.68
0.98
rs982322
0.31
12q14.1
SLC16A7
3.99E-05
0.0008
0.48
0.74
rs1913208
0.42
13q33.1
Intergenic
6.46E-05
0.0004
0.17
0.6
rs1477403
0.46
16q22.3
Intergenic
6.18E-05
0.0001
0.05
0.66
rs1558878
0.45
17q24.2
ARSG
8.53E-05
0.0004
0.63
0.29
rs8066940
0.42
17q25.3
Intergenic
2.79E-05
0.0004
0.37
0.3
rs7254232
0.38
19q13.32
Intergenic
2.57E-06
0.0005
0.14
0.2
rs2833017
0.45
21q22.11
Intergenic
5.20E-05
0.0004
0.32
0.001
rs9305434
0.33
21q22.11
Intergenic
7.91E-05
0.0008
0.41
0.008
rs2048126
0.46
21q22.11
Intergenic
8.43E-05
0.0008
0.43
0.001
rs466092
0.25
21q22.3
MX2
1.28E-05
1.10E-05
0.14
0.76
Let op: P -waarden hebben betrekking op de verschillen in de distributie van enkelvoudige nucleotide polymorfismen tussen aangetaste en niet-aangetaste individuen.
voor de 20 single nucleotide polymorphisms gekozen dat deze onafhankelijke test werd genotypering uitgevoerd met TaqMan chemie [20] en eindpunt analyse. iv Alle genetische merkers waren in Hardy-Weinberg evenwicht (gegevens niet getoond). Om het verband tussen de ziekte en elk allel of genotype de frequentie te bepalen, gebruikten we logistische regressie gecorrigeerd voor leeftijd, geslacht, etniciteit, diabetes status en roken status aan de hand Plink [14]. Gegevens over ex-rokers was niet beschikbaar in deze datasets. Het monster uit Porto Alegre werd aangepast door body mass index en omdat deze gegevens beschikbaar zijn en deze variabele is geassocieerd met parodontale aandoeningen. P-waarden gelijk aan of lager dan 0,0025 (0,05 /20)
werden als statistisch significant voor de opvolging studieresultaten. Meta-analyse
Om een samenvatting statistiek leiden voor associatie met de vier SNPs een trend vertoonde associatieregelingen van een van de opvolging onderzochte monsters uit Brazilië, werd een random-effects meta analysemodel gebruikt om de odds ratio voor de aanwezigheid van de geassocieerde allel bepaald door het genoom-brede associatie studie schatten. Voordat bundeling van de gegevens, we geschat Cochran's Q statistiek, die de mate van heterogeniteit aangeeft. Er was geen significant bewijs van heterogeniteit overall (Q = 2,7, p = 0,264). Een random-effects model werd gebruikt omdat deze componenten bevat variantie binnen en tussen studies. Bovendien, omdat algemeen een breder betrouwbaarheidsinterval dan vaste effecten model levert de random-effecten modus voorzichtiger is [21]. De volledige dataset van Pittsburgh werd gebruikt. MedCalc versie 13 werd gebruikt (MedCalc Software, Oostende, België).
Resultaten
Genoom brede verenigingen studie
Kwaliteit filters op single nucleotide polymorphisms werden toegepast voordat de analyse met inbegrip van uitsluiting van monomorphic en hoge ontbrekende tarief single nucleotide polymorphisms ( & gt; 10%). Van het totaal 620.901 single nucleotide polymorfismen in de chip, 477.410 markers doorgegeven kwaliteitscontrole. Er waren een extra 3.896 markers die niet in Hardy-Weinberg evenwicht (p ≤ 0,0001) of kleine allel frequenties waren, waren niet informatief (frequentie ≤ 0,05) en werden eveneens uitgesloten. Een totaal van 473.514 enkele nucleotide polymorfisme merkers werden gebruikt voor analyse. Hoewel er geen enkele nucleotide polymorphisms met conservatieve criteria voor genoom-brede betekenis, meerdere suggestief loci, vertegenwoordigd door één of meer geassocieerde markers met p-waarden tussen 1E-5 en 1E-6 werden waargenomen in de ontdekking monster (Figuur 1). Figuur 1 Manhattan plot waarin de resultaten van de genoomwijde scan studie. P-waarden bereikten de drempel van significantie van 1E-07. Intercalerende blauwe kleuren geven verschillende chromosomen. Het Y-chromosoom werd niet geanalyseerd, dus geen markers (blauw) verschijnen. Rode stippen geven de meest significante resultaten.
Follow-up studies
Wij selecteerden 20 single nucleotide polymorphisms dat consistente resultaten in beide analyses van de totale steekproef en zelf-gerapporteerde Whites had alleen te testen in twee onafhankelijke cohorten (tabel 2) . Opname van geslacht, etniciteit, diabetes status rookgewoonten en body mass index samen met de leeftijd in het model niet wezenlijk de resultaten en hier gepresenteerde gegevens veranderen gebaseerd op de eenvoudigste model afstelling leeftijd. De rs1477403 marker op 16q22.3 was de enige die een trend voor vereniging in het cohort van Porto Alegre bleek, Brazilië [odds ratio = 1,2 (95% betrouwbaarheidsinterval 1,0-1,47); p = 0,05 voor allel distributie, tabel 2]. Drie markers in 21q22.11 toonde een trend voor de vereniging (nominale p-waarden lager dan 0,05) met chronische parodontitis in het cohort uit Rio de Janeiro (tabel 2). Deze markers zijn in sterke linkage onevenwichtigheid met elkaar (D '= 1,0).
Meta-analyse
Figuren 2, 3, 4 en 5 tonen de odds ratio's voor de vereniging van rs1477403 in 16q22.3 en de drie SNPs in 21q22.11 in de monsters uit Pittsburgh, en de twee Braziliaanse cohorten. Alleen rs1477403 een vereniging die consistent is in de richting van de drie onderzochte populaties te tonen. Hoe minder algemene allel is ondervertegenwoordigd in personen die getroffen zijn door een chronische parodontitis, hetgeen duidt op een beschermend effect. De inconsistente resultaten in de studies van de andere drie 21q22.11 markers suggereren een echte associatie tussen chronische periodontitis en de locus waarschijnlijk niet bestaat. Figuur 2 Overzicht van meta-analyse resultaten voor rs1477403 (16q22.3).
Figuur 3 Samenvatting van de meta-analyse resultaten voor rs9305434 (21q22.11).
Figuur 4 Samenvatting van de meta-analyse resultaten voor rs2833017 (21q22.11).
Figuur 5 Samenvatting van de meta-analyse resultaten voor rs2048126 (21q22.11).
Discussion
In deze studie werden 2685 DNA-monsters geanalyseerd vanuit twee cohort studies en een case-control dataset. Deze verschillende studieontwerpen verklaren de variatie van parodontitis frequentie in elk van de onderzoeksgroepen variërend van 11% tot 50%. Ondernemingen De eerste stap van de studie omvatte een genoom-brede analyse. Chronische periodontitis heeft een prevalentie van meer dan 47% in de Verenigde Staten op basis van NHANES gegevens [22] en in het algemeen lagere steekproefomvang nodig om een veel voorkomende ziekte dan een zeldzame ziekte [23] bestuderen. Echter, met de relatief bescheiden aantal getroffen personen en verwachte statistische power, implementeerden we twee strategieën om statistische power te verbeteren. We opgenomen ten minste vier regelaars voor elke zaak, die wordt beschouwd als de gouden standaard voor het aantal gevallen en controles om te worden opgevangen in een case-control genetische studie [23]. De andere naderende was gevallen gebruiken met ten minste 30% van de gebieden met chronische periodontitis mond, dus het vermijden van de insluiting van minder ernstige gevallen. Deze benadering wordt beschouwd als de variantie van onafhankelijke variabelen (elke genetische variant of X), die volgens b maximaliseren x ± t nm-1; α√MSE /nV x (1-R < sup> 2) waarbij MSE is de gemiddelde kwadratische fout, n de steekproefomvang, V x is de variantie van X, en (1-R 2) de verhouding van de variantie X niet gedeeld door een andere variabelen in het model zullen kracht en precisie [24] te verhogen. Hoewel er geen single nucleotide polymorfisme tentoongesteld vereniging op het gehele genoom betekenis, verschillende genomische regio's toonden suggestief bewijs voor de vereniging. Slechts vier genetische merkers in twee loci toonde een trend voor associatie onafhankelijke experimenten met verschillende bevolkingsgroepen datasets, en slechts één merker toonde associatie wanneer de monsters werden getrokken. Deze resultaten zijn interessant omdat één experiment werd uitgevoerd in een ziekenhuis op basis van cohort waarbij klinische gegevens zijn afkomstig van verschillende bedrijven en grotere heterogeniteit en de volgende experimenten werden uitgevoerd in bevolkings-populaties en gegevens werden verzameld met experimentele striktheidsgraad homogeniteit verhogen. rs1477403 zich op 16q22.3 en een sequentie van een niet-gekarakteriseerd niet-coderend RNA (LOC100506172). De nucleotide verandering is niet geconserveerd in muis, chimpansee, orang-oetan, of makaak op basis van de beschikbare gegevens bij UCSC Genome Browser en is het onwaarschijnlijk dat een rechtstreekse functionele rol, maar deze mogelijkheid kan niet worden uitgesloten.
Onze benadering van markers om te selecteren follow-up opgenomen vergelijking van de top 100 resultaten van de twee genoomwijde scan analyses. We konden markers hebben voorrang op basis van onze eerste inschakeling berekeningen. Echter, een eerlijke aanname voor parodontale aandoeningen is dat individuele genen bijdragen zijn klein en als we gebruikten odds ratio cut-offs lager dan 1,5, zouden we waarschijnlijk enkele honderden, zo niet duizenden mogelijke markers te volgen. Tweetraps ontwerpen manipuleren volgorde SNPs basis van p-waarden zijn getoond om de rankings te verbeteren en dalen overschat significantiewaarden [25-28] We hebben ook uitgevoerd met een analyse om interpretatie van de resultaten van de analyses van de vier SNPs in de drie bevolkingsgroepen. Als één populatie produceert een groot p-waarde voor een bepaalde SNP wanneer twee andere populaties kleine degenen voor dat SNP geproduceerd, het lijkt er zijn verschillende mogelijke redenen. Men zou de SNP echt is geassocieerd met de eigenschap in de populaties geven het signaal, maar de SNP is niet geassocieerd met de eigenschap in de derde populatie. Een andere mogelijkheid is dat het SNP geassocieerd is met de eigenschap in alle populaties, maar de steekproef van individuen uit een populatie van de verzamelde toevallig overkomen laag vermogen leveren. Een derde mogelijkheid is natuurlijk dat de SNP niet wordt geassocieerd met de eigenschap en de twee populaties die een signaal vertoonden beiden valse positieven. Als er, in waarheid, vereniging in de derde populatie, maar de steekproef is er gebeurd met laag vermogen weer te geven en terwijl de richting van enig effect te zien in de steekproef zou worden verwacht dat hetzelfde zijn, lijkt het ook niet onwaarschijnlijk dat door het toeval overgelaten zou eigenlijk tegenover zijn (lage p-waarden betekenen effect maten bijna nul in een monster, en als zodanig zou het "effect" te zijn in beide richtingen). Onze hypothese is dat het signaal voor het 16q22.3 SNP echt is, ondanks de individuele analyse van een van de Braziliaanse populaties niet aangeeft associatie (Figuur 2). Anderzijds, aangezien de signalen voor de SNPs in 21q22.11 niet consistent (figuren 2 tot 4), veronderstellen we het bewijs voor samenwerking met deze locus een vals positief. Deze analyses illustreren de uitdaging van het interpreteren van de resultaten voor dit soort studies. Ondernemingen De eerste genoomwijde associatie studie in parodontitis bestudeerde de agressieve vorm van de ziekte [8]. Daaruit zijn een band met een markering in de locus van GLT6D1 Kopen en functionele experimenten suggereerde dat verminderde GATA3 bindingsaffiniteit voor de GLT6D1
locus onderdeel van de pathofysiologie van periodontitis [8] zijn. Dit gen is niet een wij suggereren geassocieerd met chronische periodontitis. Het ontbreken van overlap tussen onze bevindingen en de anderen [9, 10] in genoom brede scannen voor chronische periodontitis en de studie van Schäfer et al. [8] is waarschijnlijk te wijten aan het feit dat deze twee voorwaarden hebben verschillende genetische invloeden. We hebben eerder aangetoond dat agressieve parodontitis aggregaten in families en de meest spaarzame wijze van vererving is een semi-generaal transmissie model waarmee de heterozygote transmissie varieert [29]. Dit is zeer verschillend van wat we zien in chronische parodontitis waarin geen duidelijke familiale aggregatie kan worden gedetecteerd.
Onze studie profiteert van verschillende sterktes, waaronder genoom-brede single nucleotide polymorfisme data en strenge en grondige beoordeling van fenotypes. Genotypering en de kwaliteitscontrole /kwaliteitsborging leverde gegevens van uitzonderlijke kwaliteit. Bovendien, als een van de eerste genoomwijde associatiestudies voor chronische parodontitis tot op heden, deze studie bereikt het belangrijkste doel (van de niet-hypothese-gebaseerde genoomwijde associatie studie design), het genereren van interesse in de genen en genomische regio's die eerder unstudied in het kader van de mondgezondheid. Maar deze studie wijst ook op de uitdagingen van de identificatie van genen die betrokken zijn bij de gemeenschappelijke complexe ziekte, namelijk dat een groot aantal genen, voornamelijk uit kleine effect sizes, zijn waarschijnlijk bijdragen tot parodontitis, en dat de ontdekking van de afzonderlijke varianten kunnen buitengewoon moeilijk zijn. Onze studie populatie had een mix van individuen van zowel witte als zwarte erfgoed en dit verder compliceert elke analyse sinds allel frequentie kunnen ongelijksoortige tussen verschillende populaties zijn. Hoewel we zorgvuldig rekening gehouden met deze factor rekening worden gehouden dat de suggestieve associaties we worden beïnvloed door variatie in etnische achtergrond van de monsters niet uitsluiten. Tijdens het onderzoek naar de genetica van parodontitis blijft achter bij vele andere prominente voorkomende complexe ziekten, deze studie biedt een lanceerplatform voor toekomstige kandidaat-gen en functionele studies van parodontale aandoeningen. De publieke beschikbaarheid van deze gegevens via online portals zal het nut van deze studie in het ontwerpen van toekomstige inspanningen en cross-onderzoek samenwerkingen aan de genetica van parodontale aandoeningen te begrijpen te vergemakkelijken.
Conclusies
Onze gegevens bieden een duidelijke hypothese om zelfstandig te worden getest met betrekking tot de bijdrage van de 16q22.3 locus chronische parodontitis.
eindnoten
iPerformed in een Illumina 610-Quad platform.
iiStored in Oragene DNA Self-Collection kits (DNA Genotek Inc ., Ottawa, oN, Canada).
iiiUsing de Illumina Human610-Quadv1_B BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA).
ivPerformed op een Applied Biosystems 7900 HT Sequence Detection System machine (Applied Biosystems Inc., Foster City, CA, USA).
verklaringen
Dankwoord
de auteurs zijn dank verschuldigd aan alle patiënten die enthousiast ingestemd met een deel van dit project. De gegevens voor deze studie werd verstrekt door de Dental Register en DNA Repository van de School of Dental Medicine, University of Pittsburgh. Financiële steun voor dit werk werd verstrekt door NIH Grant 5TL1RR024155.
Samenvatting van de belangrijkste bevindingen Hotels A marker in 16q22.3 wordt geassocieerd met chronische parodontitis in verschillende diverse bevolkingsgroepen en kan van belang zijn om het risico voor de ziekte vast te stellen.
Electronic aanvullend materiaal
12903_2014_413_MOESM1_ESM.doc Extra file 1:. Bijkomende informatie over fenotype definitie, macht berekeningen en genoomwijde associatie-analyses (DOC 667 KB) Authors 'originele ingediende dossiers voor afbeeldingen
Hieronder staan de links naar origineel van de auteurs ingediende dossiers voor afbeeldingen. 'Originele bestand voor figuur 1 12903_2014_413_MOESM3_ESM.tif Authors' 12903_2014_413_MOESM2_ESM.tif Auteurs originele bestand voor 'originele bestand voor figuur 3 12903_2014_413_MOESM5_ESM.tif Authors' figuur 2 12903_2014_413_MOESM4_ESM.tif Auteurs originele bestand voor figuur 4 originele bestand 12903_2014_413_MOESM6_ESM.tif Authors 'voor figuur 5 tegenstrijdige belangen Ondernemingen De auteurs hebben geen conflicterende belangen te verklaren. bijdragen
Authors '
PF, PLC, KD, HK J-HK uitgevoerd DNA-manipulatie en alle laboratoriumexperimenten. PF, XW, PLC, ECK en ARV analyse en interpretatie van de gegevens. PLC, JN, ANH, VQ, LLB, CS, JMG en ARV verrichte werkzaamheden met betrekking tot onderwerp werving, fenotype definities en biologisch monster collectie. PLC, JMG, CS, en ARV ontwierp de oorspronkelijke cohort studies. Alle auteurs kritisch herzien van het manuscript. Alle auteurs gelezen en goedgekeurd het definitieve manuscript.
