Abstracte achtergrond
subgingivale microbiële profiel geassocieerd met parodontitis is gemeld dat aanzienlijk verschillen van de geografische locatie. Het doel van deze studie was om de associatie tussen een panel van vermeende parodontale bacteriële ziekteverwekkers en chronische parodontitis onder Jemenieten beoordelen.
Methods
Subgingivale DNA-monsters werden verkregen van zieke en gezonde plaatsen van 20 niet-roken, matig tot ernstig chronische parodontitis onderwerpen. Absolute tellingen (bacterieel DNA-kopieën per monster) en relatieve tellingen (% totaal bacteriën) zeven periopathogenic species /genera vertegenwoordiger van de rode en oranje complexen werden bepaald met behulp van Taqman Q-PCR-tests.
Resultaten
De Q-PCR assays toonde uitstekende lineariteit (R
2 & gt; 0,99) en een gevoeligheid van 100 kopieën /monster. De detectie bedroeg 100% voor alle geteste soorten /geslachten met uitzondering van P. gingivalis
en A. actinomycetemcomitans
dat bij 97,5% en 67,5%, respectievelijk werden gedetecteerd. De mediane log absolute aantallen waren in de range van 2,41-6,53 exemplaren per monster terwijl mediane relatieve tellingen waren in het bereik van 0,001-0,77%, beide hoogst voor Fusobacteriën en het laagst voor A. actinomycetemcomitans
. Significante correlaties interspecies waargenomen. Gecorrigeerd voor meervoudige vergelijkingen (P≤0.0063), alleen T. forsythia, T. denticola Kopen en P. micra
onderhouden significante associatie met parodontale vernietiging. De laatste soort, toonde echter de sterkste vereniging en werd gevonden in een hoger aandeel in de parodontitis sites in alle vakken (3,39 mediaan voudige toename). Er werden geen significante verschillen waargenomen voor P. gingivalis.
Conclusies
P. micra
in plaats van P. gingivalis
verschijnt als een hoeksteen ziekteverwekker in deze Jemenitische Sample. Echter, deze bevindingen worden bevestigd in een grootschaliger onderzoek voordat ze kunnen worden beweerd dat etnische verschillen te vertegenwoordigen in samenwerking ziekteverwekkers 'met parodontitis.
Sleutelwoorden
Microbiologie Pathogens Real-time PCR Parvimonas micra Parodontitis Electronic aanvullend materiaal
De online versie van dit artikel (doi:. 10 1186 /1472-6831-14-13) bevat aanvullend materiaal, dat beschikbaar is voor geautoriseerde gebruikers is achtergrond
Parodontitis is een scala aan klinische entiteiten. die worden gekenmerkt door immunologische vernietiging van de tand ondersteunende structuren in reactie op chronische uitdaging specifieke bacteriën in subgingivale biofilm [1]. De laatste drie decennia of zo getuige van een explosie in ons begrip van de microbiologie van parodontitis. Eerdere studies in dienst-cultivatie-gebaseerde technieken hersteld ongeveer 250 soorten bacteriën (at & gt; 1% relatieve rijkdom) van plaque monsters [2]. Met de uitgebreide toepassing van moleculaire technieken de afgelopen tien jaar, het dubbele van het aantal nieuwe soorten is geïdentificeerd [3-5] brengen van de rijkdom van de subgingivale microbiota om meer dan 700 soorten bacteriën, ongeveer 50% van die uncultivable.
Hoewel de meeste subgingivale microbiota wordt geacht commensale zijn verschillende soorten geïmpliceerd als parodontitis. Porphyromonas gingivalis
, Tannerella forsythia
en Treponema denticola
(de zogenaamde rode complex) zijn tot nu toe blijkt de sterkste associatie met chronische parodontitis [6]. Andere mogelijke ziekteverwekkers omvatten Fusobacterium
spp., Prevotella
spp., Campylobacter rectus
, Eubacterium nodatom
en Parvimonas micra
(voorheen Peptostreptococcus micros
) [6]. Uncultivable phylotypes zoals Synergistetes
, TM7 en Treponema
taxa worden ook verondersteld om een pathogene rol spelen bij chronische periodontitis [3, 4, 7]. In feite wordt aangenomen dat parodontitis wordt veroorzaakt door een bacteriële consortium plaats van een enkele pathogeen [1].
Een aantal moleculaire technieken zijn gebruikt voor de detectie en kwantificering van periodontale ziekteverwekkers in plaquemonsters waaronder DNA-DNA-hybridisatie conventionele en real time PCR en 16S rRNA sequentie-kloon [8]. Hiervan real-time PCR is de meest gevoelige waardoor detectie van zo laag als 1,6 cellen per reactie [9, 10]. Het maakt het ook mogelijk doelwit DNA tellingen normaliseren tot het totale aantal bacteriën in het monster (relatieve kwantificatie), waardoor correctie voor verschillen tussen monsters en het vergelijken van monsters betrouwbaarder [11, 12]. Verrassenderwijs real-time PCR is niet zo algemeen gebruikt in de studie van de microbiologie van parodontitis zoals kan worden verwacht.
Subgingivale microbiële geassocieerd met periodontitis is gerapporteerd dat ze significant per geografische locatie onafhankelijk van andere factoren die bekend zijn subgingivale wijzigen microbiële samenstelling [8, 13]. Het wordt verstandig, dus dat het verkrijgen van meer informatie over de wereldwijde distributie van parodontale pathogenen en patronen van hun associatie met de ziekte van ons begrip van de verschillen in de rol die zij spelen bij parodontitis in verschillende populaties kunnen verbeteren. Bij het ontbreken van gegevens op deze uit het Midden-Oosten, het doel van de huidige studie was om de vereniging van zeven vermeende parodontale pathogenen met chronische parodontitis te evalueren in een Jemenitische bevolking met behulp van kwantitatieve PCR-tests.
Methods
proefpersonen en klinisch onderzoek
Twintig patiënten, 30-50 jaar oud, met een matige tot ernstige chronische parodontitis (met ten minste 1 site per kwadrant met pocket diepte ≥ 5 mm en verlies & gt attachment; 3 mm), werden gerekruteerd uit bij patiënten het bijwonen van tandheelkundige clinics bij Al-Thawra ziekenhuis, Sana'a, Jemen. Ook mensen met minder dan 20 tanden of gediagnosticeerd met agressieve parodontitis (die met typische eerste kies /centrale snijtand presentatie) werden uitgesloten. Andere uitsluitingscriteria opgenomen geschiedenis van het roken, parodontale behandeling of antibiotica /oraal antiseptisch gebruik in de afgelopen 6 maanden, zwangerschap of borstvoeding, en alle systemische ziekte of medicatie-inname bekend dat parodontale ontsteking aan te passen. Ondernemingen De community parodontale index [14] werd gebruikt om parodontale statusscherm door een enkele, goed opgeleide en precaliberated examinator (Shuga-Aldin HM). In aanmerking komende patiënten, pocket diepte (PD) van de diepste pocket in elk kwadrant in millimeters werd vastgesteld aan de hand van een Williams probe. De plaquette index [15], werd gemeten op de labiale /buccale en linguale /palatinale oppervlakken van de index tanden. De klinische kenmerken van de studiegroep zijn weergegeven in tabel 1.Table 1 Klinische kenmerken van de studiegroep
Geslacht (M /V%)
60/40
Leeftijd , mediaan (interkwartielafstand)
40 (30-45)
Plaque index, mediaan (interkwartielafstand)
1,5 (1,25-1,65)
Pocket diepte bemonsterd sites, mediaan (interkwartielafstand)
5,5 (5,00-6,75)
de studie werd uitgevoerd in overeenstemming met de verklaring van Helsinki. Het werd goedgekeurd door de Medisch en Gezondheid Studies Board, Graduate College, Khartoum University. Geïnformeerde toestemming werd verkregen van alle vakken.
Bemonstering en DNA-extractie
Voor elk onderwerp, een samengevoegde subgingivale monster van de diepste pocket in elk kwadrant (PD ≥ 5 mm) en een andere van 4 gezonde sites (PD ≤ 3 mm ; geen verlies bijlage) werden verkregen, met behulp van steriele papier punten. Supragingivale plaque werd verwijderd vóór de bemonstering met behulp van steriele katoen pellets. De monsters (40 in totaal) werden in lage EDTA TE-buffer (Invitrogen, USA) bij -80 ° C tot bewerking.
Bij de DNA-extractie werden de monsters gecentrifugeerd bij 15.000 g gedurende 1 minuut en de pellet werd geresuspendeerd in 180 gl lysozyme digestie buffer (25 mM Tris-HCl, pH 8,0, 2,5 mM EDTA, 1% Triton X-100) bevattende 20 mg /ml lysozym, en geïncubeerd bij 37 ° C overnacht. Het digest werd vervolgens onderworpen aan DNA-extractie met behulp van de Purelink Genomic DNA-extractie kit (Invitrogen, USA); DNA werd geëlueerd in 100 pl van de geleverde buffer en voor verdere analyse bewaard bij 4 ° C.
Kwantitatieve PCR assays
Totaal bacteriën, Fusobacterium
spp., Prevotella
spp., Actinobacillus actinomycetemcomitans
(voorheen Actinobacillus actinomycetemcomitans
), Parvimonas micra
(voorheen Micromonas micra golfreizen of Peptostreptococcus micros)
, Porphyromonas gingivalis
, Tannerella forsythia
en Treponema denticola
werden gedetecteerd en gekwantificeerd in de DNA-extracten met behulp van Taqman real-time PCR-technologie [16]. Sequenties van probes en primers die in de studie worden getoond in Tabel 2. Zij werden geleverd door Primerdesign, UK, geoptimaliseerde en direct kits die ook plasmiden gebaseerde positieve controle (amplicon-sequentie) te gebruiken. De laatste werd serieel verdund tot standaard curves voor de absolute kwantificering van de test soorten te bouwen, en om de efficiëntie, lineariteit en gevoeligheid van de assays.Table 2 sequenties van primers en probes gebruikt in de kwantitatieve PCR-tests Electronics Test species beoordelen
Sequenties 5'-3 '
Target gen
grootte van het product
Ref
A. actinomycetemcomitans
F-primer: GGRAGAATGGATGGCGATAT
hgpA
81 bp
Deze studie
R-primer: ATCAGAATGAACATAACCTATACCA
Probe: FAM ATGAACGCAATTCAGCCCAGA ACTG-BHQ
P. micra
F-primer: TGAGCAACCTACCTTACACAG
16S rRNA
112 bp
[17]
R-primer: GCCCTTCTTACACCGATAAATC
Probe: FAM ACCGCATGAGACCACAGAA TCGCA-BHQ
P. gingivalis
F-primer: ACGAATCAAAGGTGGCTAAGTT
FIMA
85 bp
[17]
R-primer: TTAGTCGCATTTTCGGCTGAT
Probe: FAM CCTGCTGTTCTCCATTATAAAC CATTACGG -BHQ
T. forsythia
F-primer: GATAGGCTTAACACATGCAAGTC
16S rRNA
99 bp
[17]
R-primer: GTTGCGGGCAGGTTACATAC
Probe: FAM TTACTCACCCGTGCGCCGGTCG-BHQ
T. denticola
F-primer: GGGCGGCTTGAAATAATRATG
16S rRNA
92 bp
[17]
R-primer: CTCCCTTACCGTTCGACTTG
Probe: FAM CAGCGTTCGTTCTGAGCCA GGATCA-BHQ
Totaal bacteriën
F-primer: AAACTCAAAGGAATTGACGGGG
16S rRNA
205 bp
[17]
R-primer: TTGCGCTCGTTGCGGGACT
Probe. FAM-CTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGA-BHQ
Fusobacterium
spp *
F-primer: CGCAGAAGGTGAAAGTCCTGTAT
23S r RNA
101 bp
[18]
R-primer: TGGTCCTCACTGATTCACACAGA
Probe: FAM . - CTTTGCTCCCAAGTAACATG GAACACGA-BHQ
Prevotella
spp *
F-primer: ACCAGCCAAGTAGCGTGCA
16S rRNA
153 bp
[19]
R-primer: TGGACCTTCCGTATTACCGC
Probe: FAM AATAAGGACCGGCTAATTCC GTGCCAG -BHQ
* Species dekking wordt geleverd in de originele rapporten
Om te controleren op specificiteit, sequenties primers 'werden voor het eerst gestraald tegen eubacteriële sequenties databank bij het National Center for Biotechnology Information (NCBI.; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome). Vervolgens werd elke set getest in een SYBR Green real-time PCR tegen een samengevoegd subgingivale DNA monster van 5 parodontitispatiënten, gevolgd door dissociatie curve analyse. Een primer set werd beoordeeld als zijnde specifiek als het resulteerde in een enkele dissociatie piek die identiek is aan de positieve standaard piek.
Elke reactie bestaat uit 10 pi mastermix met ROX (Primerdesign, UK), 1 ui primers /probe mix, 5 pl template DNA (of positieve norm), en 4 ui PCR-grade water; initiële enzymactivering op 95 ° C gedurende 10 min gevolgd door 40 cycli van denaturatie bij 95 ° C gedurende 15 seconden annealing: Alle proeven werden uitgevoerd op een ABI 7000 real-time PCR platform (Applied Biosystems, USA) met het volgende programma uitgevoerd /verlenging bij 60 ° C gedurende 1 min. De gegevens werden verkregen door middel van de FAM kanaal
Absolute telt, in kopieën /reactie, werden berekend met behulp van de standaard curves.; deze werden vervolgens omgezet in kopieën /monster door vermenigvuldiging met 20 (sinds 5 pl van het extract werd opgenomen in het reactiemengsel). Relatieve tellingen van de test species /genera werden vervolgens berekend als% van de totale bacteriën.
Statistische analyse
onderzoeken van klinische en microbiologische gegevens met de Kolmogorov-Smirnov statistiek onthulde niet-normale verdeling. Bijgevolg zijn ze samengevat als medianen en interkwartielafstand (IQR). Significantie van de verschillen tussen gezonde en parodontitis sites in termen van absolute (log-getransformeerde) en relatieve tellingen werden gezocht met behulp van de Wilcoxon-ondertekend rank test. De Bonferroni correctie voor meervoudige vergelijking werd toegepast dat een aangepaste p-waarde van 0,0063 werd gebruikt om significante verschillen te beschrijven. Alle testen werden uitgevoerd met SPSS 17 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA).
Resultaten
De kwantitatieve PCR assays Leer Alle acht real-time PCR testen lieten goede lineariteit (R 2 ≥ 0,99) over een dynamisch bereik van 5-10 6 kopieën /reactie (figuur 1), het bereiken van een gevoeligheid van 100 exemplaren /monster (bepaald DNA extractie was 100% efficiënt). Alle primersets geproduceerd enkele dissociatie pieken in het SYBR Green assays die overeenkwam met het standaard pieken (figuur 2). Figuur 1 schermafdrukken ABI 7000 productie SDS software geeft standaard curven voor twee primers /probe sets gebruikt in dit onderzoek (T. denticola links en A .actinomycetemcomitans naar rechts). Seriële verdunningen van plasmide gebaseerde positieve controle werden bereid met eindconcentraties van 5-106 kopieën /reactie. Assays werden uitgevoerd zoals beschreven in de tekst. De krommen werden verkregen door het uitzetten van log DNA kopieën afgeboekt waarden drempelcyclus (Ct).
Figuur 2 dissociatie curve analyse amplicons geproduceerd door elke van de primerparen die in de studie tegen subgingivale gepoolde DNA monster van vijf proefpersonen die parodontitis een Syber Green PCR assay. Elk paar resulteerde in slechts één piek aangeeft specifieke amplificatie. Jaar ALGEMENE microbiologische bevindingen Leer Alle geteste species /genera werden waargenomen bij 100% van de monsters behalve P. gingivalis Kopen en A. actinomycetemcomitans
waarvoor de detectie tarieven waren 97,5% en 67,5% respectievelijk. Gemiddelde absolute en relatieve tellingen gegevens worden weergegeven in Figuur 3. De gemiddelde log absolute telling was 8,69 voor de totale bacteriën en in het gebied van 2,41-6,53 voor afzonderlijke species, het grootst voor Fusobacteriën en het kleinst bij A. actinomycetemcomitans
. Mediane relatieve tellingen (% totaal bacteriën) waren in het bereik van 0,001-0,77%, wederom het hoogst voor Fusobacteriën en het laagst voor A. actinomycetemcomitans
. Totaal pathogenen (som van alle 7 soorten /geslachten) vormden 2,1% (IQR 1,36-3,87%). Nr species werd gedetecteerd bij meer dan 1% in 75% van de monsters. A. actinomycetemcomitans, P. gingivalis
en P. micra
nooit op meer dan 1% werden gedetecteerd, terwijl Fusobacteriën, prevotellae, T. denticola Kopen en T. forsythia
bereikt zover 5,3%, 2,1%, 2,3% en 4,1%, respectievelijk, in uitschieters. Figuur 3 Box plots met de mediaan en interkwartielafstand (IQR) van de totale absolute (links) en relatieve (rechts) tellingen van de test soorten /geslachten in subgingivale biofilm monsters. De fout balken geven de data binnen 1,5 IQR boven Q3 (derde kwartiel) en onder Q1 (eerste kwartiel). Cirkels en sterren zijn uitschieters. Aa; A. actinomycetemcomitans
; Fuso: Fusobacteriën; Pg: P. gingivalis
; Pr: prevotellae; Pm: Parvimonas micra
; Tf: T. forsythia
; Td:. T. denticola
Non-parametrische analyse (Spearman correlatie) onthulde een aantal belangrijke inter-species correlaties. Gebaseerd op log telt, en na het uitvoeren van Bonferroni correctie voor meerdere vergelijkingen (P ≤ 0,002), Fusobacteriën significante correlatie met prevotellae en P. micra
(r = 0,71 en 0,53, respectievelijk), terwijl T. denticola
aanzienlijk gecorreleerd met T. forsythia
(r = 0,72). Bijna dezelfde patronen van verenigingen werden gevonden op basis van proporties, maar de correlatie tussen Fusobacteriën en P. micra
verdwenen. Het nemen van een minder conservatieve niveau van significantie (P ≤ 0,01), werd T. forsythia
ook gevonden om positief te correleren met Fusobacteriën en prevotellae.
Parodontitis vs. gezonde plaatsen Ondernemingen De absolute log tellingen van de geteste soort /soorten in de subgingivale plaque monsters van gezonde en periodontitis sites verschijnen in Tabel 3. Meer totaal bacterieel DNA werd uit de parodontitis locaties dan de gezonde gebieden teruggewonnen hoewel dit geen correctie voor meerdere vergelijkingen hebben doorstaan. . Alle testen species /genera, met uitzondering van A. actinomycetemcomitans en Fusobacterium
spp,
waren ook aanwezig op hogere niveaus op locaties met parodontale vernietiging; echter alleen P. micra Kopen en T. forsythia
gehandhaafd significant verschil na correctie voor meerdere vergelijkingen (P ≤ 0,0063) .table 3 Mediaan (interkwartielafstand) log tellingen van de test soorten /geslachten in subgingivale plaque van de gezond en parodontitis plaatsen
Species
Healthy sites (n = 20)
parodontitis sites (n = 20)
P
Totaal bacteriën
8,65 (8,46-8,83)
8,78 (8,52-9,10)
0.04
A. actinomycetemcomitans
2,42 (0,00-3,50)
2,40 (0,00-307)
0,67
Fusobacterium spp.
6,62 (5,82-6,85)
6,37 (6,00-7,03)
0,08
Prevotella spp.
6.20 (5,65-6,65)
6,42 (6,07-6,80)
0,02
P. micra
4,33 (3,78-5,21 )
5,40 (4,92-5,65)
0,0001 *
P. gingivalis
3,90 (2,56-5,70)
5,52 (3,07-6,04)
0.04
T. forsythia
6,09 (5,24-6,47)
6,71 (5,97-6,91)
0.006 *
T. denticola
5,47 (4,10-6,26)
6,16 (5,71 -6,76)
0,02
* Statistisch significant na correctie voor meerdere vergelijkingen (P
≤ 0,0063); Rangtekentoets.
Gebruiken relatieve tellingen (verhoudingen) alle geteste species, behalve A. actinomycetemcomitans
, waren bij hogere verhoudingen de parodontitis locaties vergeleken met de gezonde gebieden (Tabel 4). Echter, de verschillen waren alleen significant voor P. Micra Kopen en T. denticola
(P ≤ 0,0063) waaruit bleek 3,39 en 1,33 mediaan voudige toename respectievelijk op locaties met parodontale vernietiging ten opzichte van locaties zonder vernietiging. P. micra
was aanwezig bij hogere relatieve tellingen in parodontitis in vergelijking met gezonde sites in alle subjects.Table 4 Mediaan (interkwartielafstand) ten opzichte van tellingen (% totaal bacteriën) van de test soorten /geslachten in subgingivale plaque van de gezonde en parodontitis plaatsen
Species
Healthy sites (n = 20)
Parodontitis sites (n = 20)
voudig verschil
P
A. actinomycetemcomitans
0,001 (0,000-0,020)
0,001 (0,000-0,005)
0.07
0,12
Fusobacterium spp.
0,789 (0,238-1,205)
0,701 (0,250-1,029)
0,81
0.79
Prevotella spp.
0,360 (0,222-0,903)
0,394 (0,228-0,751)
1,23
0,50
P. micra
0,009 (0,003-0,022)
0,031 (0,014-0,081)
3.39
0,0001 *
P. gingivalis
0.004 (,0001-,0611)
0,068 (,0001-,219)
1.97
0,156
T. forsythia
0.302 (0,055-0,541)
0.425 (,170-1,50 )
0,86
0.08
T. denticola
0,092 (0,007-0,438)
0.338 ( 0,126-0,613)
1,33
0.006 *
* Statistisch significant na correctie voor meerdere vergelijkingen (P
≤ 0,0063); Rangtekentoets.
Discussie
Studies uit het Midden-Oosten worden beperkt tot die dat het effect van de traditionele mondhygiëne beoordeeld zoals miswak, of bepaalde gewoonten, zoals qat kauwen, op niveaus van parodontale pathogenen [17, 20 , 21]; geen studies hebben tot dusver beoordeeld welke parodontale ziekteverwekkers in het bijzonder worden geassocieerd met parodontitis in een Arabische bevolking. De studie vergeleek graven van 7 vermoedelijke pathogenen tussen gezonde en zieke sites in patiënten met matig-ernstige chronische parodontitis, met behulp van real-time PCR. Zonder het voordeel van deze technieken (sensitiviteit en de mogelijkheid van relatieve kwantificatie), een beperkt aantal studies gebruikt in de studie van de microbiologie van periodontitis en nog minder gebruikt relatieve kwantificatie voor vergelijkingen tussen gezondheid en ziekte. Gezonde plaatsen binnen dezelfde onderwerpen plaats van gezonde individuen werden als controles gebruikt om de effecten van inter-individuele variaties in andere dan microbiële samenstelling factoren voorkomen. Toch zou ook gezonde personen als additionele controles hebben geleid tot meer vergelijkingen en een ruimer gezien de verschillen in microbiële samenstelling tussen parodontale gezondheid en ziekte. Dus dit kan worden beschouwd als een beperking van de huidige studie. Een andere beperking is dat bloeden na sonderen niet geregistreerd hoewel deze eerder is aangetoond dat het een belangrijke klinische variabele. Bovendien, terwijl de belangrijkste pathogenen getest, het panel kunnen meer soorten die bijzonder de nieuwere pathogenen zoals Filifactor alocis
, orale synergistetes en TM7.
Absolute tellingen werden gerapporteerd in DNA kopieën plaats celaantallen omdat het doelgen aantal kopieën per genoom, met name 16S rRNA gen, verschilt van soort tot soort en is niet bekend voor een aantal van hen. Dit betekent dat de werkelijke bacteriële tellingen voor sommige van de geteste species /genera minder dan de tellingen in de studie. Het heeft echter geen invloed op de geldigheid van vergelijkingen tussen sites of patiënten. Theoretisch slechts één genkopie per reactie kan worden gedetecteerd door real-time PCR; In de praktijk is dit meestal niet mogelijk. Enkele eerdere studies naar periodontale ziekteverwekkers in feite niet duidelijk met betrekking tot of de gerapporteerde onderste detectiegrens was per reactie of per monster, maar kan worden geconcludeerd dat ten minste 100 DNA-kopieën per reactie kan worden gedetecteerd [11, 22] . Echter, heeft een detectiegrens van zo laag als 1,6 cellen per reactie gerapporteerd [9, 10] die vergelijkbaar is met de gevoeligheid van Q-PCR assays in dit onderzoek (5 kopieën /reactie). De hoge gevoeligheid van Q-PCR verklaart waarschijnlijk de hogere detectie van pathogenen waargenomen in studies die deze techniek in vergelijking met die met kweektechnieken of DNA-DNA-hybridisatie toegepast. Ondernemingen De gemiddelde log tellingen van totale bacteriën en sommige de test soorten /geslachten in deze studie zijn 1-3 log hoger dan die van de meeste eerdere studies die real-time PCR [9, 10, 12, 22] gebruikt gemeld. Daarentegen Lyons et al. [11] gerapporteerd geldt wel 10 14 en 10 12 voor de totale bacteriën en P. gingivalis
respectievelijk die plausibel klinkt. Hoewel deze verschillen worden toegeschreven aan verschillen tussen monsters en DNA extractie-efficiëntie kan, onnauwkeurigheden in de bereiding van standaard curves waarschijnlijk verantwoordelijk voor het grote deel daarvan. Krommen bereid met seriële verdunningen van de bacteriële cellen of genomisch DNA-extract, zoals gebeurt in de meeste eerdere studies, kan minder nauwkeurig dan die opgewekt met plasmiden. Anderzijds heeft kwantificering vertekening door plasmide-DNA conformatie onlangs vermeld, met name cirkelvormige plasmiden [23]. Aangezien waarden van deze studie zijn ook dicht bij die voordien aan dambord DNA-DNA-hybridisatie [24], kunnen worden aangenomen nauwkeurig genoeg zijn. Ondernemingen De relatieve abundanties van T. denticola Kopen en T. forsythia
in het huidige onderzoek zijn zeer vergelijkbaar met die gerapporteerd voor een Japanse populatie behulp van een soortgelijke kwantificering techniek [12]. In deze studie is echter P. gingivalis Kopen en Prevotella intermedia
gepresenteerd op buitengewoon hogere verhoudingen en significante associatie met de ziekte die in tegenstelling tot de huidige resultaten. Gebruik schaakbord DNA-DNA-hybridisatie, zijn veel hoger aandeel van het rode complex leden gemeld bij chronische periodontitis patiënten uit USA, Brazilië, Chili en Zweden [13] ten opzichte van de relatieve tellingen beschreven. Dit kan echter eenvoudig worden gerechtvaardigd door het feit dat de verhoudingen in het dambord techniek wordt berekend door het normaliseren van absolute tellingen van elke soort die in totaal tellingen van de 40 probe soort gebruikt in plaats van de totale bacteriën zoals gedaan in de huidige studie.
Relative kwantificering gegevens tonen aan dat, hoewel parodontale ziekteverwekkers aanwezig waren tegen aanzienlijk hogere percentages in parodontitis plaatsen in vergelijking met gezonde sites, ze nog steeds vormden een minderheid van subgingivale microbiota. Dit is echter niet verrassend aangezien beoordeling van eerdere kweek gebaseerde studies en recentere studies gebruikmakend van moleculaire technieken blijkt duidelijk dat periodontale pathogenen, met name leden van de rode complex, hier meestal waargenomen bij geringe hoeveelheden [3, 24, 25] . Wat niet voldoende naar voren, daarentegen, is hoe deze ziekteverwekkers parodontitis in voldoende lage abundantie kunnen veroorzaken. Een interessant, op dit moment in ontwikkeling mening is dat lage overvloed parodontale ziekteverwekkers orkestreren parodontitis door het induceren van een dysbiotic "pathogene" microbiële gemeenschap die op hun beurt bemiddelt botafbraak [26]. Dit wordt toegeschreven aan de capaciteit van deze pathogenen aantal onderdelen van de gastheerrespons ondermijnen plaats van direct werken als pro-inflammatoire bacteriën is onlangs aangetoond voor P. gingivalis
in vitro [27]. Dienovereenkomstig worden lage overvloedige parodontale ziekteverwekkers beweerde te functioneren als hoeksteen pathogenen, een hypothese dat de rol van rode complex leden als conventionele ziekteverwekkers [28] uitdagingen. Ondernemingen De huidige studie heeft een associatie niet opdagen tussen P. gingivalis
en parodontale vernietiging, die zeer moeilijk te verdedigen tegen de bestaande overweldigend bewijs. Dit kan echter alleen een storing bestaande koppeling door gebrek aan voldoende vermogen te detecteren, met name dat er een significant verschil in absolute telling op het niveau van 0,05. Anderzijds, gezien de aard van polymicrobiële periodontitis, en gezien de nieuwe hoeksteen ziekteverwekker hypothese, is het ook aannemelijk voorstellen andere leden van de pathogene team kan in bepaalde omstandigheden de rol van P. gingivalis nemen
als een hoeksteen ziekteverwekker. In feite heeft P. gingivalis
niet altijd het sterkst associatie met periodontitis [3, 29, 30]. In de huidige studie, T. denticola Kopen en T. forsythia
, beiden lid van de rode complex, vertoonde wel significante associatie met parodontitis, die in overeenstemming is met de literatuur. Echter, P. micra
(voorheen bekend als Peptostreptococcus micros
) toonde de sterkste associatie met de ziekte aanwezig is bij significant hogere absolute en relatieve tellingen in parodontitis sites in alle proefpersonen zijn. Deze soort is een lid van de oranje microbiële complex [6], en er is een groeiende bewijs voor de rol, en andere peptostreptococci als periodontale pathogeen [3, 29, 31, 32].
Conclusie
ondanks de aanwezigheid in zeer lage relatieve telt, P. micra
toonde de sterkste associatie met parodontale vernietiging, die wijzen op een mogelijke rol als hoeksteen ziekteverwekker in plaats van P. gingivalis
. Echter, dit moet worden bevestigd in een grootschaliger onderzoek voordat het kan worden beweerd dat etnische verschillen te vertegenwoordigen in samenwerking ziekteverwekkers 'met parodontitis.
Verklaringen
Dankwoord Inloggen Deze studie werd gedeeltelijk gefinancierd door Al-Saeed Foundation voor Wetenschap en Technologie. Alle laboratorium werk werd uitgevoerd aan de Molecular Research Laboratory, UST, Sana'a, Jemen. We willen graag bedanken Dr. Mohammed Sultan voor zijn hulp met monstername. 'Originele ingediende dossiers voor afbeeldingen
Hieronder staan de links naar de auteurs'
Auteurs originele ingediende dossiers voor afbeeldingen. Alle auteurs gelezen en goedgekeurd het definitieve manuscript.
