Abstracte achtergrond
Om de microbiële samenstelling van biofilms bij ontstoken peri-implantaat en parodontale weefsels in hetzelfde onderwerp te onderzoeken, met behulp van 16S rRNA sequencing.
methoden
Supraventri- en submucosale en supra- en subgingivale plaque monsters werden verzameld van 7 patiënten die lijden aan zieke peri-implantaat en parodontale weefsels. Bacterieel DNA werd geïsoleerd en 16S rRNA genen werden geamplificeerd, gesequenced en uitgelijnd voor de identificatie van bacteriële genera.
Resultaten
43734-chimeer uitgeputte, denoised sequenties werden geïdentificeerd, overeenkomend met 1 phylum, 8 klassen, 10 orders, 44 families en 150 geslachten. De meest voorkomende families of genera gevonden in supramucosal of supragingivale plaque waren Streptoccocaceae, Rothia Kopen en Porphyromonas.
In submucosale plaque, het meest voorkomende familie of genera gevonden waren Rothia, Streptococcaceae Kopen en Porphyromonas
op implantaten . De meest voorkomende subgingivale bacteriën op tanden waren Prevotella, Streptococcaceae,
TG5.
Het aantal sequenties gevonden voor de genera Tannerella Kopen en Aggregatibacter
op implantaten significant tussen supra- en submucosale locaties voor meerdere testen. De analyses toonden geen significante verschillen tussen microbiomes op implantaten en tanden in supra- of submucosale en supra- of subgingivale biofilms.
Conclusie
Zieke peri-implantaat en parodontale weefsels in hetzelfde onderwerp aandeel vergelijkbaar bacteriële geslachten en op basis van de analyse van taxa op een genus niveau biofilm samenstellingen kunnen geen rekening met de potentieel verschillende pathologieën op implantaten of tanden.
Trefwoorden
Deep-sequencing 16S rRNA sequencing Zieke peri-implantaat weefsels Zieke parodontale weefsels supragingivale plaque Subgingivale plaque biofilm Microbiologie Jörg Eberhard en Meike Stiesch eveneens bijgedragen aan dit werk
Electronic aanvullend materiaal
De online versie van dit artikel. (doi:. 10 1186 /1472-6831-14-157) bevat aanvullend materiaal, dat beschikbaar is voor geautoriseerde gebruikers. achtergrond
implantaten worden vaak gebruikt om ontbrekende tanden te vervangen in een gedeeltelijk edentate en edentate patiënten. Ontsteking van het peri-implant zacht en hard weefsel is de meest voorkomende bijwerking en kan de stabiliteit op lange termijn van de botgeïntegreerde implantaten in gevaar brengen. Terwijl peri-implant mucositis affectes alleen zachte weefsels, peri-implantitis omvat ook de ondersteunende bot. De prevalentie van peri-implantitis gedurende 5-10 jaar na de succesvolle osseointegratie lijkt in de orde van 10% van de implantaten en 20% van de patiënten te zijn [1].
Accepted risicofactoren voor peri-implantaat-gerelateerde ziekten zijn een slechte mondhygiëne , een geschiedenis van parodontitis en het roken van sigaretten [2]. Biofilms zijn uitvoerig beschreven door hybridisatietechnieken peri-implantitis [3-6] en laatstelijk bij high-throughput sequencing technieken falende implantaten [7-9]. Supra- en submucosale biofilms op implantaten in afzonderlijke vakken zijn niet beschreven door high-throughput sequencing technieken, hoewel aangetoond is dat de samenstelling van supragingivale biofims subgingivale biofilmvorming [10-12] wezenlijk beïnvloedt. Bijgevolg kan supramucosal biofilms ook de samenstelling van de microflora submucosale bepalen. De diverse oppervlakte-eigenschappen (chemische samenstelling, oppervlakteruwheid, oppervlakte-energie) en weefselarchitectuur op implantaten en tanden kunnen bacteriële adhesie en groei van biofilms en beïnvloeden [13] en kan verantwoordelijk zijn voor de voorgestelde verschillen in ontstekingsrespons op implantaten en tanden [ ,,,0],14].
Daarom is het doel van de volgende studie was om de microbiële samenstelling van supra- en submucosale, repectively supra- en subgingivale plaques bij zieke implantaten en tanden verder te karakteriseren.
Methods
Onderwerp selectie
onderwerpen in de studie had ten minste ≥30% sites met PD ≥4 mm en duidelijk radiografisch botverlies. Alle patiënten waren gedeeltelijk tandeloze (niet minder dan 8 tanden), met tenminste 1 functionerende orale implantaten gerestaureerd met kronen of prothesen. Inclusiecriteria waren: (A) een implantaat en tanden tekenen van actieve ontsteking (weefsel met duidelijke tekenen van ontsteking (roodheid en zwelling), bloeding na sonderen (BOP) en pocketdiepte (PD) ≥ 4 mm in ten minste één plaats en bewijs van radiografisch botverlies), (B) implants te functioneren gedurende ten minste 1 jaar. Uitsluitingscriteria waren: (A) alle peri-implantaat of parodontale behandeling 6 maanden vóór de bemonstering. (B) systemische ziekten zoals diabetes mellitus, (C) roken, (D) antibiotica of immunosuppressiva minder dan 3 maanden.
Een complete medische geschiedenis werd opgenomen, gevolgd door klinisch en radiografisch onderzoek. Informed consent werd verkregen en de studie werd goedgekeurd door de lokale ethische commissie van Hannover Medical School (nr. 4348).
Klinisch onderzoek
Twee ervaren tandartsen Alle onderwerpen onderzocht. Pocketdiepte werd gemeten met een gekalibreerde druk parodontale sonde (Hawe Instructies-Probe, Kerr Hawe SA, Bioggio, Zwitserland). Sonderingsdiepte werd gemeten op de millimeter op de schaal. Bloeden op indringende werd vastgesteld na sonderen met een dichotome maatregel. Alle metingen werden uitgevoerd op 4 plaatsen van implantaten en tanden. Plaquette deposito's werden geregistreerd (aanwezigheid /afwezigheid) zonder kleuring, met een aangepaste approximale Plaque Index (API) [15].
Sample collectie
In elk onderwerp, het implantaat en de tand met de diepste diepten werden gekozen voor plaque verzameling. Na het isoleren van de bemonstering met katoenen rollen en zacht drogen met een luchtspuit, werden 2 steriele endodontic papier punten (absorberend papier Points, VDW GmbH, München, Duitsland) supramucosally of supragingivaal gebruikt om de biofilms te verzamelen. Vervolgens werden de resterende supramucosal en subgingivale plaque volledig verwijderd met een tandheelkundige scaler. Twee steriele papier punten werden vervolgens submucosaal of subgingivaal geplaatst. De monsters werden afzonderlijk samengevoegd voor elk implantaat, tand en locatie en werden in 2 ml cryotubes (Eppendorf, Hamburg, Duitsland) geplaatst en direct ingevroren bij -80 ° C voor verwerking.
DNA-extractie en sequentie
DNA isolatie
Paper punten waar monsters werden behandeld met 360 pl lysozym oplossing 30 minuten bij 37 ° C (20 mg /ml lysozym, 20 mM Tris-HCl, 2 mM EDTA, 1,2% Triton X100, pH 8,00), gevolgd door proteinase K digestie gedurende 30 minuten bij 56 ° C in 400 gl buffer AL (Qiagen, Hilden, Duitsland). Enzymen werden geïnactiveerd door verwarming tot 95 ° C gedurende 15 minuten. Steriele 0,5 mm glasparels (Roth, Karlsruhe, Duitsland) werden toegevoegd en bacteriële cellen werden verstoord door heftig schudden (6500 rpm, 3 x 20s, 15s breken) met een Precellys 24 parelmolen (Bertin Technologies, Montigny-le-Bretonneux, Frankrijk ). Vervolgens werd totaal DNA gezuiverd met de QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Duitsland) volgens het protocol van de fabrikant voor gram-positieve bacteriën (QIAamp® DNA Mini and Blood Mini Handbook, derde editie, aanhangsel D).
16S rDNA amplificatie en monstervoorbereiding
van elk monster, een ongeveer 550 bp fragment van het 16S rRNA-gen werd versterkt met behulp van het brede scala primers 27f (5'-AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3') en 521R (5'-ACCGCGGCTGCTGGCAC-3 '; beide Eurogentec, Seraing, België). De primers gericht geconserveerde DNA sequenties die de V1 en V3 hypervariabele gebieden in het 16S rRNA gen. PCR werd uitgevoerd op een TProfessional thermocycler (Biometra, Göttingen, Duitsland) in een totaal reactievolume van 50 pl. Het PCR mengsel bevatte ongeveer 20 ng matrijs-DNA, 200 nM van elke primer, 1 x PCR-buffer (inclusief 1,5 mM magnesiumchloride, Qiagen, Hilden, Duitsland), 1.5U HotStar Taq polymerase (Qiagen, Hilden, Duitsland), 200 mM elke dNTP (Roth, Karlsruhe, Duitsland) en PCR-grade water (Roche, Penzberg, Duitsland). PCR-omstandigheden waren als volgt: initiële denaturatie bij 95 ° C gedurende 15 min; 32 amplificatiecycli bestaande uit denaturatie bij 94 ° C gedurende 1 minuut, hybridisatie bij 52 ° C gedurende 40s, verlenging bij 72 ° C gedurende 1 min; laatste verlenging bij 72 ° C gedurende 10 minuten. PCR-reacties werden gescheiden op een 1,0% agarosegel (agarose MP, Applichem, Darmstadt, Duitsland) en gezuiverd met het QIAquick Gel Extraction Kit (Qiagen, Hilden, Duitsland). Het gezuiverde amplicons van elk monster werden gebruikt als template voor een tweede PCR-stap met de primer-27f adab (5'-3'-CCTATCCCCTGTGTGCCTTGGCAGTCTCAGAGAGTTTGATCMTGGCTCAG) en een individuele reverse primer 521R-MID_X (5'-CCATCTCATCCCTGCGTGTCTCCGACTCAGXXXXXXXXXXXACCGCGGCTGCTGGCAC-3 '; XXXXXXXXXXX = unieke MID-tag) met een unieke Multiplex-Identifier (MID) barcode volgorde. Amplificatie chemie was hetzelfde als hierboven beschreven, echter, 100 ng matrijs-DNA werd gebruikt per reactie, werd de annealing temperatuur verhoogd tot 67 ° C en de cyclus waren dat er 15. PCR-reactieproducten werden gezuiverd met agarosegelelektroforese en geëxtraheerd zoals hiervoor beschreven. De DNA-concentraties werden bepaald met behulp van de AccuBlue ™ High Sensitivity dsDNA Kwantificatie Kit (Biotium, Hayward, Verenigde Staten) in combinatie met een BioTekSynergy II fluorescentie reader (BioTek, Bad Friedrichshall, Duitsland). Vervolgens werden de monsters gemengd in equimolaire verhouding en verder verwerkt volgens de instructies van de fabrikant voor de bereiding Titanium Library Kit (Roche, Penzberg, Duitsland). Pyrosequencing werd uitgevoerd op een GS FLX sequencer (Roche, Penzberg, Duitsland).
Bioinformatics
Sequence processing
Qiime softwareversie 1,6 [16] werd gebruikt voor voorbewerking, de identificatie van operationele taxonomische eenheden (OTU), de taxonomische opdracht en de gemeenschap structuur vergelijkingen. In het voorbewerken stap, werd elke 454-read verwijderd als (a) het aantal basenparen was & lt; 200 of & gt; 550, (b) de kwaliteit score was & lt; 25, (c) het aantal dubbelzinnige bases was & gt; 6, (d) was er een mismatch primer, (e) het aantal fouten in barcode waren & gt; 1.5, of (f) een homopolymeer run was & gt; 6. Naast deze kwaliteit filterstappen, een ruisonderdrukking stap van de sequenties werd uitgevoerd [17] met de "denoise_wrapper" -script in qiime. Chimere sequenties werden verwijderd met behulp van ChimeraSlayer de qiime standaardinstellingen na OTU-picking en taxonomische opdracht.
OTU opdracht en taxonomische classificatie
De sequenties OTU waren toegewezen aan de uclust methode in qiime met een gelijkenis drempel van 0,97, waarvan overeenkomt met genus niveau OTU. Voor de volgende taxonomische opdracht, gebruikten we de ontploffing methode qiime met de greengenes 12_10 release met 97% OTU als referentie database. Daarnaast werden geslachten ingedeeld op basis van hun Gramkleuring gebaseerd op Manual of Systematic bacteriologie Bergey's.
Statistische analyses
De OTU-tabel gemaakt door qiime na ruisonderdrukking en chimera checking werd in de statistische programmeertaal R worden ingevoerd [18] met de Bioconductor [19] pakket phyloseq [20]. De volgende grafische analyses werden ook uitgevoerd met behulp van de phyloseq-pakket en werden gecreëerd voor (a) het gehele dataset, (b) het implantaat deelverzameling en (c) de tand deelverzameling. De taxonomische rang gebruikt voor de volgende analyses was het geslacht niveau. Ten eerste, heat maps voor de 50 meest voorkomende bacteriën werden gecreëerd. Ten tweede, Principal Coordinate Analyses (PCOA) van UNIFAC afstanden werden berekend en uitgezet. De inferentiële statistische analyse werd berekend met de Bioconductor pakket Edger [21]. Daarom log Fold-Wijzigingen en bijbehorende-veelheid aangepaste p-waarden werden geschat uit afzonderlijke gegeneraliseerde lineaire modellen voor elke genus met de patiënt als covariaat en rekening houdend met de gepaarde ontwerp karakter. Biodiversiteit werd berekend met behulp van de Shannon-Diversity Index [22].
Resultaten
Klinische gegevens
Zeven patiënten (2 mannen, 5 vrouwen, gemiddelde leeftijd 60,1 ± 9,8 jaar) kwamen in aanmerking voor de studie tussen augustus en oktober 2010 at Hannover Medical School, Afdeling Prothetische tandheelkunde en Biomedical Materials Science. Individuele gegevens en volledige mond bezettingen van alle patiënten zijn samengevat in Tabel 1. Alle onderzochte implantaten hadden gefunctioneerd gemiddeld 11,6 ± 5,5 jaar. Klinische tekenen van ontsteking waren duidelijk bij onderzocht implantaten (PD 4,9 ± 1,2 mm, BOP 39,9 ± 34,9%) en de tanden (PD 4,1 ± 1,2 mm, BOP 35,7 ± 31,8%). Verschillen tussen de klinische opnamen op implantaten en tanden waren niet significant (tabel 1) .table 1 Onderwerp kenmerken
Studiepopulatie
Aantal patiënten
7
Geslacht (man /vrouw)
2/5
Leeftijd (jaar)
60,1 ± 9,8
Implant levensduur (jaar)
11,6 ± 5,6
Aantal Implants per patiënt (n)
4,7 ± 3,6
Aantal resterende tanden per patiënt (n)
16,7 ± 7,3
Full-mond scores
Plaque index, API ( %)
61,3 ± 28,8
BOP (%)
22,1 ± 16,2
Aantal parodontitis aangetaste tanden per patiënt ( %)
68,1 ± 15,5
Scores bij bemonsterde locaties
Implants
Plaque index (%)
35,7 ± 37,8
BOP (%)
39,3 ± 34,9
PD (mm)
5,0 ± 1,3
tanden
Plaque index (%)
28,6 ± 39,3
BOP (%)
35,7 ± 31,8
PD (mm)
4,1 ± 1,3
gegevens worden gepresenteerd als gemiddelden en standaarddeviaties
API, approximale Plaque Index.; BOP, bloeden op indringende; PD, indringende diepte.
Supra- en subgingivale microbiomes
28 supra- en subgingivale monsters van 7 patiënten werden geanalyseerd en leverde een totaal van 43.734-chimera uitgeput, denoised sequenties die 1 phylum, 8 klassen, 10 orders, 44 families en 150 geslachten (Extra-bestand 1). Op implantaten, deze sequenties vertegenwoordigde de families Porphyromonadaceae, Lachnospiraceae, Streptococcaceae
en genera Rothia, Actinomyces, Paenibacillus, Microbacterium, Pseudoramibacter, Leptotrichia, Parascardovia, Tannerella, Granulicatella, Tessaracoccus, Clostridium, Aeromonadales, Veillonella, Capnocytophaga, Prevotella, TG5, Fusobacterium, Exiguobacterium, Enterococcus, Porphyromonas, Streptococcus
implantaten. Op vakantiepark tanden, de sequenties vertegenwoordigde de families Coriobacteriaceae, Rs-045, Veillonellaceae, Neisseriaceae
, en de geslachten Mogibacterium, Porphyromonas, Tannerella, Aggregatibacter, Treponema, Capnocytophaga, Lactococcus, Granulicatella, Enterococcus, Exiguobacterium, Atopobium, Veillonella
. Op implantaten en tanden, de bovengenoemde bacteriën geboekt & gt; 90% van alle reeksen.
In supramucosal of supragingivale plaques op implantaten en tanden, de meest overvloedige taxa waren Streptococcacea, Rothia, Kopen en Porphyromonas
. In submucosale plaques op implantaten, de meest voorkomende taxa gevonden waren Rothia, Streptococcaceae Kopen en Porphyromonas
. De meest voorkomende subgingivale bacteriën op tanden waren Prevotella, Streptococcaceae en TG5
(figuur 1a, b). Figuur 1 Detectie frequentie van taxa gevonden in ontstoken peri-implantaat en parodontale sites. (A) Verdeling van de taxa in supra- en submucosale biofilms van ontstoken implantaten en (b) taxa in supra- en subgingivale biofilms tanden aangetast door parodontitis. De genoemde genera (g), families (f) en klassen (c) vertegenwoordigt 90% van alle sequenties gevonden. Ondernemingen De statistische analyse toonde significante verschillen tussen de supra- en submucosale plaque op implantaten voor het genus Tannerella
(p = 0,0067) en bijna significante verschillen voor het genus Aggregatibacter
(p = 0,056). Na correctie voor meerdere testen, deze verschillen waren niet meer significant.
Gramkleuring categorieën
Gramkleuring categorieën op implantaten en tanden zijn weergegeven in figuur 2a en b. In het algemeen, Gram-positieve bacteriën werden vaker dan Gram-negatieve bacteriën in alle monsters. Op implantaten werden Gram-positieve bacteriën voornamelijk gevonden in supra- en submucosale samples. In supragingivale monsters tanden, Gram-positieve bacteriën waren frequenter dan Gram-negatieve bacteriën, maar in subgingivale plaque monsters de abundanties van Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën waren vergelijkbaar. Op implantaten en tanden, het aantal Gram-negatieve bacteriën waren groter bij submucosale en subgingivale locaties dan in supramucosal en subgingivale sites. Figuur 2 De geïdentificeerde taxa werden gerangschikt volgens hun Gramkleuring kenmerken. De balken geven het cumulatieve aantal OTU in supra- en submucosale gebieden op implantaten (a) en in supra- en subgingivale gebieden op de tanden (b).
Principal coördineren analyse (PCOA) of the Principal Coordinate Analysis (Figuur 3) van de gewogen UNIFAC afstanden bleek geen duidelijke verdeling van de bacteriële gemeenschappen in verband met implantaten of tanden (p & gt; 0,01). Figuur 3 bacteriële gemeenschap structuur op ontstoken peri-implantaat en parodontale sites. De panelen tonen de Principal Coördinaat analyse van UNIFAC afstanden. Er was geen afscherming van de bacteriële populaties geassocieerd met implantaten of tanden (p & gt; 0,01), zoals blijkt uit de slecht gesorteerde verdeling van punten die de vier monsterzones van deze studie
warmte plattegrond Datavisualisatie uitgevoerd. met een warmte kaartweergave, waarbij de relatieve abundanties van de 50 meest voorkomende geslachten vertegenwoordigd door verschillende helderheden (figuur 4). Monsters van verschillende locaties binnen individuele patiënten gedeeld slechts minimale overeenkomsten in bacteriële gemeenschap composities, zoals getoond met hiërarchische clustering van bacteriële taxa in de hitte kaartweergave. Gemeenschappen van supramucosal locaties implantaten nauw geclusterd met de gemeenschappen uit submucosale locaties implantaten. Daarentegen monsters van supragingivale plaque minder Soortgelijke subgingivale plaque monsters tanden. Figuur 4 Heat kaart presentatie toont de abundanties van de 50 meest voorkomende soorten in alle monsters. Afzonderlijke monsters worden afgebeeld op de x-as als tand (T) of implantaat (I), de locatie supra (= supramucosal of supragingivale) of sub (= submucosale of subgingivale) en een getal dat de patiënt. Deze presentatie, is het duidelijk dat de verschillende locaties binnen individuele patiënten gedeeld slechts minimale overeenkomsten in bacteriële gemeenschap composities.
Shannon diversiteit index
Shannon Diversity index beschrijft de biodiversiteit en beschouwt het aantal geslachten en hun abundanties [22] . Noch implantaten noch tanden toonde significante verschillen in de diversiteit index voor supra- en submucosale implantaten locaties en supra- en subgingivale locaties tanden (Figuur 5). Figuur 5 De Shannon Diversity-index werd berekend voor implantaten en tanden en toonden aan dat noch implantaten noch tanden vertoonden een significante clustering van de diversiteit index van de bemonstering locaties (blauwe en rode stippen).
Discussie Ondernemingen De huidige studie beschrijft in detail de supra- en submucosale en supra- en subgingivale microbiomes ontstoken peri-implantaat en parodontale sites in enkele proefpersonen met behulp van 16S rRNA-gen-gebaseerde pyrosequencing. De huidige studie toonde (1) veelvuldig voorkomen van leden van het genus Rothia Kopen en familieleden Streptococcaceae
implantaten en tanden, (2) geen significante verschillen tussen de microbiomes zieke implantaten en tanden aangetast door parodontitis, (3) geen significante verschillen tussen de supra- en submucosale of supra- en subgingivale microbiomes. Ondernemingen de huidige 16S rRNA benadering was gericht op de uitvoerige samenstelling bacteriën zich op twee verschillende locaties op implantaten en tanden te detecteren. In de onderhavige studie werden de volgorde lengte beperkt tot 550 bp en derhalve annotaties beperkt waren tot de genus niveau zijn hiervoor een benadering voor de analyse van complexe biofilms [23, 24]. In overleg met andere lopende uitgaven, de samenstelling van microbiomes toonde hoge inter-individuele verschillen [8]. Prominente phylotypes op supra- en submucosale regio's waren Rothia Kopen en Streptococcaceae
. Soorten die behoren tot het geslacht Rothia
herhaaldelijk omschreven als leden van orale gemeenschappen [25-27] en zijn geassocieerd met parodontale gezondheid [28, 29]. Hoge niveaus van dit genus zijn gemeld met gezonde implantaatplaatsen en [30]. Specifieke leden van het geslacht Rothia
onlangs hebben aangetoond klinische infecties zoals septische artritis, longontsteking, bloedvergiftiging bij niertransplantatiepatiënten, arterioveneuze infecties, acute bronchitis en endocarditis [31] en veroorzaken - als lid van biofilms - is geweest geassocieerd met gezamenlijke infecties bij orthopedie [32]. Virulentiefactoren en de capaciteit van deze soort infecties induceren werden bestudeerd in vitro en [33]. Onze studie ook ontdekt hoge frequenties genera die niet eerder zijn beschreven als gemeenschappelijke orale inwoners [34]. Bijv. Exiguobacterium
is beschreven als een bacterie koloniseert mariene habitats en zeevruchten [35-37], oude Siberische permafrost, Groenland gletsjerijs, en warmwaterbronnen [38]. Uit het huidige onderzoek, is het onduidelijk of dit soort ongeluk door verontreiniging werd opgenomen [39] of als het in orale plaques werd opgenomen door voedselconsumptie., De inname van voedsel moet daarom nauwkeurig worden gecontroleerd of opgenomen in toekomstige studies.
Alle analyses in de huidige studie bleek dat de diversiteit van biofilms koloniseren zieke implantaten was vergelijkbaar met biofilms koloniseren tanden aangetast door parodontitis. Daarentegen Kumar et al. [7] waargenomen verminderde diversiteit in implantaatplaatsen dan aan zieke tanden en Koyanagi et al. [8] waren beduidend diversiteit in implantaatplaatsen dan aan zieke tanden. Een gedeeltelijke verklaring voor deze verschillen kunnen zijn dat de proefpersonen van verschillende etnische populaties. De hypothese was dat diversiteit is een indicator van de complexiteit van de ziekte, terwijl hoge diversiteit wordt geassocieerd met complexe ziekten.
In deze studie bacteriële genera geassocieerd met zieke implantaten waren niet significant verschillend van communities met besmette tanden in de hetzelfde onderwerp, dat overeenkomstig andere publicaties [40-42] en aangetoond dat het intra-orale overdracht van bacteriën uit een niche naar de andere is een haalbare gebeurtenis. In tegenstelling met hybridisatietechnieken het genus Actinomyces
was de meest dominante taxon vinden op tanden aangetast door parodontitis en zieke implantaten [3, 43], maar werd alleen in lage frequenties in de huidige studie. Kumar et al. [7] gebruikt sequencing technieken en concludeerde dat Actinomyces
bacteriën maken minder dan 5% van alle sequenties. De geslachten Treponema en Tannerella
inclusief soorten van de rode complex, evenals Aggregatibacter,
gevonden in bijna gelijke frequenties zieke implantaten en tanden aangetast door parodontitis; in tegenstelling Porphyromonas
werd vaker gevonden op implantaten. Dezelfde waarnemingen werden eerder door Cortelli et al. [44] maar niet door andere studies [7, 8]. Opnieuw kan verschillen in proefopzet verklaren deze waarnemingen, b.v. Kumar et al. [7] onderzocht implantaten en de tanden van verschillende onderwerpen.
In onze studie, de composities van supra- of submucosale biofilms op implantaten waren meer vergelijkbare dan de supra- en subgingivale biofilms op de tanden, zoals aangetoond door de hitte kaart analyse, die is in overeenstemming met Ximenez-Fyvie et al. [43], die identiek genera in supra- en subgingivale plaques van de tanden aangetast door parodontitis gevonden. Gebruik makend DNA hybridisatie Shibli et al. [3] bevestigde de overeenkomsten tussen biofilms op supra- en submucosale implantaten locaties.
Implantaatplaatsen, werd de microbiële samenstelling voornamelijk uit Gram-positieve taxa. Bij tanden, Gram-positieve taxa waren ook vaker voor dan Gram-negatieve taxa, maar bij veel lagere ratio's. Deze verschillen tussen de supra- en submucosale locaties waren niet duidelijk over de discriminatie van opeenvolgende geslachten, maar werd duidelijk met behulp van Gram kenmerken. Deze gegevens zijn gedeeltelijk anders dan data van Kumar et al. [7], die
verklaard dat peri-implantitis falen implantaten is een overwegend Gram-negatieve ziekte.
Conclusies Deze studie gebruikt 16S rRNA sequentie technieken aanvulling op de kennis van de samenstelling van supra- en submucosale en supra - en subgingal biofilms. Op basis van de beperkingen van het onderzoek en de analyse van een geslacht niveau significante verschillen in de biofilm samenstelling van zieke peri-implantaat en parodontale weefsels werden niet waargenomen
Afkortingen
API.
Approximale Plaque Index
BOP:
Bloeden op indringende
Bp:
Basepaar
DNA:
desoxyribonucleïnezuur
dNTP:
Desoxynucleotide trifosfaat
min .:
Minute
ml:
Milliliter
mm:
Millimeter
no:
Number
OUT:
operationele taxonomische eenheden
PCOA:
Principal Coodinate Analyses
< DFN> PCR:
Polymerase Chain Reaction
PD:
Pocket diepte
rRNA:
Ribosomaal ribonucleïnezuur.
verklaringen
Dankwoord
de auteurs zijn dankbaar Rainer Schreeb voor een uitstekende laboratoriumwerk. Ondernemingen de studie werd gefinancierd in het kader van de Dr. Dorka-Stiftung.
Electronic aanvullend materiaal
12903_2014_486_MOESM1_ESM.zip Extra file 1: 16S rRNA gensequenties. (ZIP 965 KB) Authors 'originele ingediende dossiers voor afbeeldingen
Hieronder staan de links naar de auteurs oorspronkelijke ingediende dossiers voor afbeeldingen. 'Originele bestand voor figuur 1 12903_2014_486_MOESM3_ESM.tif Authors' 12903_2014_486_MOESM2_ESM.tif Auteurs originele bestand voor 'originele bestand voor figuur 3 12903_2014_486_MOESM5_ESM.tif Authors' figuur 2 12903_2014_486_MOESM4_ESM.tif Auteurs originele bestand voor figuur 4 originele bestand 12903_2014_486_MOESM6_ESM.tif Authors 'voor figuur 5 tegenstrijdige belangen Ondernemingen De auteurs verklaren dat zij geen concurrerende belangen bijdrage
Authors '
SS droeg met concept en ontwerp, klinisch onderzoek, analyse van gegevens, en was verantwoordelijk voor het opstellen.; IS klinisch onderzoek; RS analyse van gegevens; MaS sequencing; AW en SNS monster voorbereiding; JE en MES concept en ontwerp kritisch te herzien en ingestemd met de definitieve versie van het manuscript.
