Abstracte achtergrond
conventionele parodontale behandeling is gericht op het beheersen van supra- en subgingivale biofilms. Hoewel periodontale therapie bleek parodontale gezondheid te verbeteren, is het niet helemaal aanhouding van de ziekte. Bijna alle vakken compliant met parodontale onderhoud blijven progressieve klinische aanhechtingsverlies beleven en een fractie van hen verliest tanden. Een mondelinge microbiële transplantatie
een nieuw alternatief voor de behandeling van parodontitis (geïnspireerd door fecale transplantatie) kan zijn. In de eerste plaats moet worden vastgesteld dat microbiomes van mondgezondheid en parodontitis zijn te onderscheiden. In dat geval zou de gezondheidseffecten microbiome worden ingebracht in de mondholte van parodontitis patiënten. Dit heeft betrekking op de doelstellingen van onze studie: (i) om te beoordelen of microbiële gemeenschappen van de gehele mondholte van patiënten met parodontitis verschillend waren uit of mondgezondheid in contrast met microbiotas van cariës en edentulism patiënten; (Ii) te testen in vitro
u een veilige concentratie natriumhypochloriet kan worden gebruikt voor uitroeiingsperiode van de oorspronkelijke orale microbiota gevolgd door een veilige neutralisatie van het hypochloriet voorafgaande transplantatie.
Methods
systemisch Zestien gezonde witte volwassenen met klinische tekenen van een van de volgende mondelinge voorwaarden werden ingeschreven: parodontitis, opgericht cariës, edentulism en mondgezondheid. Mondelinge biofilm monsters werden verzameld van sub- en supra-tandvlees sites, en orale slijmvliezen. DNA werd geëxtraheerd en 16S rRNA genen werden geamplificeerd. Amplicons van dezelfde patiënt werden samengevoegd, de sequentie bepaald en gekwantificeerd.
orale plaque vrijwilliger werd behandeld met zoutoplossing, 16 mm NaOCl en NaOCl geneutraliseerd door ascorbaat buffer gevolgd door uitplaten op agar. Resultaten
wijding percelen van rRNA-gen dichtheden onthulde verschillende groeperingen voor de orale microbiomes van patiënten met parodontitis, edentulism of mondgezondheid. De mondelinge microbiome bij patiënten met parodontitis toonde de grootste diversiteit herbergen 29 bacteriesoorten tegen aanzienlijk hogere overvloed in vergelijking met proefpersonen met de andere geëvalueerd voorwaarden. Gezonde proefpersonen hadden significant hogere abundantie in 10 microbiële soort vergelijking met de andere voorwaarden. NaOCl liet een sterke antimicrobiële eigenschappen; niet giftig ascorbaat kon neutraliseren van de hypochloriet.
Conclusies
Verschillende orale microbiële handtekeningen werden gevonden bij patiënten met parodontitis, edentulism of mondgezondheid. Deze bevinding opent een potentieel voor een nieuwe therapie, waarbij een verband met de gezondheid hele orale microbiële gemeenschap zou worden getransplanteerd naar de zieke patiënt.
Sleutelwoorden
Bacteriotherapy Microbial transplantatie cariës edentulism Parodontitis Red complex Electronic aanvullend materiaal
online versie van dit artikel (doi:. 10 1186 /s12903-015-0109-4) bevat aanvullend materiaal, dat beschikbaar is voor geautoriseerde gebruikers is achtergrond
De humane orale microbiome is samengesteld uit een grote verscheidenheid aan. van micro-organismen die een belangrijke rol in gezondheid en ziekte. Bacteriën bijvoorbeeld orale onderhouden en gezondheidsproblemen van [1], maar kan ook leiden tot ziekte. Bacteriofagen vorm microbiële diversiteit [2]. Protozoa en schimmels consumeren voedselresten en andere microben [3, 4] en archaea gebruiken vergisting bijproducten om methaan te produceren [5]. Maar wat betreft microbiële species, onze huidige kennis van de humane orale microbiome is beperkt tot enkele goed bestudeerde organismen. Op basis van wat bekend is over deze microben hebben onderzoekers conceptuele modellen ontwikkeld met de expliciete bepaling van de etiologie van orale ziekten (bijvoorbeeld, [6, 7]). Deze modellen stellen vermeende interactie tussen micro-organismen en tussen micro-organismen en de gastheer. Hoewel deze studies aanzienlijk zijn gevorderd het gebied, recente studies tonen aan dat de mondholte is een complex en dynamisch leefgebied bestaat uit honderden verschillende soorten interactie [8, 9]. Ondernemingen De conceptueel model voor parodontitis is dat Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia , Treponema denticola Kopen en actinobacillus actinomycetemcomitans Wat zijn verantwoordelijk voor de ziekte [6, 10, 11]. Bewijs uit diermodellen aangetoond dat deze bacteriën weefsel homeostase kan verstoren door het manipuleren signaalroutes van de gastheer en zodra de aangeboren immuniteit aangetast, veroorzaken een verandering in de relatieve abundantie van microben, wat resulteert in ontsteking en botverlies [12, 13]. Toch is het bekend dat deze bacteriën d.w.z. P. gingivalis, T. forsythia, T. denticola, A. actinomycetemcomitans
, worden ook gevonden in gezonde mondholte (bijvoorbeeld [14-19]). Bovendien is P. gingivalis
niet in de helft van de patiënten met chronische of agressieve periodontitis [20]. De paradox van deze microben aanwezig zijn in zowel de gezondheid en ziekte vraagtekens bij de geldigheid van de conceptuele onderbouwing van het ontstaan van parodontitis, die uitnodigt voor alternatieve manieren van denken over parodontitis en andere orale ziekten.
Conventionele parodontale therapieën zijn gericht op het beheersen van supra- en subgingivale biofilms en het beheer van prognostische factoren zoals slechte glykemische controle bij patiënten met diabetes mellitus en actief roken [21, 22]. Hoewel parodontale therapie is aangetoond dat parodontale gezondheid verbeteren en de snelheid van verdere klinische aanhechtingsverlies [23, 24] en tandverlies vanwege periodontitis [25-27], is lager dan dat van volledig arrestatie van de ziekte. Bijna alle patiënten compatibel met parodontale onderhoudszorg blijven verschijnselen van progressieve klinische aanhechtingsverlies tonen, en één- tot tweederde twee- daarvan, verliest een of meer tanden tijdens langere parodontale onderhoudszorg [28, 29]. Wij geloven dat nieuwe manier van denken die nodig zijn voor het vinden van een succesvolle manieren om de behandeling van parodontitis is. Ondernemingen De kennis uit een ander veld geeft aan dat er een passende microbiële gemeenschap is een sleutel voor het behoud van de weerstand tegen infecties. Een klassiek voorbeeld is de darm microbiome, die de host Clostridium difficile
(CD) infectie beschermt. In het bijzonder, sommige patiënten ontwikkelen CD kolonisatie van hun darm na behandeling met antibiotica, die uitroeit hun aangeboren microbiome. Een succesvolle strategie voor de bestrijding van CD door het transplanteren van darmflora van een gezonde donor werd voor het eerst medisch geregistreerd meer dan 50 jaar geleden [30]. (De oorsprong van de procedure dateren uit de 4
e eeuw in China [31]). In het bijzonder, een schorsing van de ontlasting uit een systemisch gezonde intieme partner, familielid of vriend wordt ingebracht in het maagdarmkanaal van de ontvanger via colonoscopie, klysma of een neussonde. Recente systematische review rapporten ongeveer 90% efficiëntie van het uitroeien van de CD infectie door een fecale transplantatie [32]. Naast de CD infectie werden andere mogelijk dysbiotic ziekten hebben die reageren op de microbiële transplantatie, om zoals ontstekingsdarmziekte, zwaarlijvigheid. Voor een overzicht van actuele ontwikkelingen in de darm microbiële transplantatie zien Kelly et al. [33].
Geïnspireerd door het succes van de fecale transplantatie, hier stellen we een concept van een microbiële transplantatie als een potentiële therapie voor parodontitis. We zien de therapie van die bestaat uit drie stappen: (i) het oogsten sub- en supra-tandvlees microbiota van een gezonde donor, bijvoorbeeld, echtgenoot of partner; (Ii) het uitvoeren van diepe reiniging, rootplaning en toepassen van een breed spectrum antimicrobieel middel aan de patiënt periodontitis; en (iii) het neutraliseren van de antimicrobiële middel onmiddellijk gevolgd door een spoeling met een microbiële suspensie geoogst van de gezonde donor in het periodontitis patiënt. Ondernemingen De doelstellingen van dit onderzoek waren tweeledig. Het eerste doel was om te beoordelen of het gehele mondelinge microbiële gemeenschap van parodontitis verschillend van gevestigde cariës, edentulism en mondgezondheid was. Het tweede doel was om een benadering te testen voor het aanbrengen van een breed spectrum antimicrobieel middel safe (NaOCl) een aanzienlijke vermindering van de belasting van bestaande microbiome gevolgd door neutralisatie van het middel voor later microbiële transplantatie.
Methods
proefpersonen
Adult proefpersonen werden geworven op de afdeling Parodontologie, Universiteit van Washington, Seattle, WA, de VS en de afdeling van de Parodontologie, Universiteit van Düsseldorf, Duitsland. Een schriftelijke geïnformeerde toestemming voor deelname aan het onderzoek werd verkregen van de proefpersonen. De studie werd goedgekeurd door de Universiteit van Washington Institutional Review Board, ref. nummer 3570. De proefpersonen werden ingeschreven als ze een van de volgende klinische aandoeningen hadden: ernstige parodontitis, cariës, edentulism of mondgezondheid. Een periodontitis geval werd gedefinieerd als hebbende ten minste 2 interproximale plaatsen en op verschillende tanden met verlies klinische attachment (CAL) van 6 mm en ten minste 1 interproximale site met pocketdiepte (PD) van 5 mm of meer [34] en een minimum van 20 definitieve tanden, niet met inbegrip van 3 rd kiezen. De proefpersonen werden uitgesloten van de parodontitis groep als ze hadden meerdere gevestigd cariës laesie of droeg een uitneembare partiële prothese. Een cariës zaak werd gedefinieerd als de volgende aantal tanden met gevestigde cariëslaesies: 6 of meer tanden bij patiënten 20-34 jaar; 4 of meer tanden bij patiënten van 35 tot 49 jaar; en 3 of meer tanden in de personen van 50 jaar en ouder. Opgericht cariës werd gedefinieerd als een klasse 4 laesie volgens het Internationaal cariësdetectie en Assessment System. Het aantal tanden met cariës laesies in cariës geval was groter dan één standaarddeviatie boven het gemiddelde van cariës mate respectievelijke leeftijdsgroep de U.S.A. [35]. Uitsluitingscriteria voor een cariës geval was interproximale sites met CAL van 4 mm of meer of de PD van 5 mm of meer [34]. Een edentate geval volledig was edentate beide kaken en de tanden meer dan één jaar te extraheren voor de inschrijving in de studie. Een gezonde zaak werd gedefinieerd als 28 tanden, nog afgezien van 3 rd kiezen, of 24 of meer tanden, nog afgezien van 3 rd kiezen of premolaren had voor orthodontische redenen is gewonnen of werden congenitaal ontbrekende met geen tekenen van orale ziekte. Uitsluitingscriteria voor een gezonde zaak inbegrepen: roken, verlies van de definitieve tanden als gevolg van cariës of parodontitis, elke interproximale sites met CAL van 4 of meer of PD van 5 mm of groter, of elke gevestigde cariës laesies. Exclusiecriteria voor alle groepen: orale mucosalaesies systemische ziekten, en het gebruik van antibiotica of lokale antiseptica binnen 3 maanden voorafgaand aan het onderzoek
Sample collectie
Voor alle maar de tandeloze patiënten, werd supra- en subgingivale plaque verzameld. zes sites met de diepste indringende diepte in elk sextant. Eén steriele papier punt per plaats werd ingebracht in de diepste aspect van de parodontale pocket of gingival groeve. Biofilm orale mucosa werd verzameld door met een steriel wattenstaafje over de epitheliale oppervlakken van de lip, links en rechts buccale slijmvliezen, mond en dorsale gedeelte van de tong [36]. De monsters werden opgeslagen bij -80 ° C.
Moleculaire werkwijzen
Microbial DNA werd geïsoleerd uit cellen door fysische en chemische verstoring gebruik zirconia /silica kralen en fenol-chloroform extractie in een FastPrep-24 bead beater [37]. Prokaryotische 16S rRNA genen werden geamplificeerd met behulp van universele primers (27 F en 1392R) met de GemTaq kit van MGQuest (Cat # EP012). Het PCR-programma omvatte een pre-amplificatiestap van 10 cycli met een hybridisatietemperatuur van 56 ° C gevolgd door 20 amplificatiecycli met hybridisatietemperatuur 58 ° C. In elke cyclus, rek bedroeg 1 min 10 sec bij 72 ° C. PCR werd afgerond door uitgebreide rek gedurende 5 minuten. PCR-producten werden gezuiverd met DNA Clean & amp; Concentrator kolommen (Zymo Research, USA) en gekwantificeerd met behulp van de NanoDrop (Agilent, USA).
Wegens technische redenen, voor sommige onderwerpen subgingivale en mucosale microbiotas werden samengevoegd tot één flacon, terwijl het voor andere vakken de subgingivale en mucosale microbiotas werden apart opgeslagen. Omdat ons doel was om de gehele microbiële gemeenschap te onderzoeken, voor het apart opgeslagen supra en subgingivale microbiota monsters werden gelijke hoeveelheden van PCR-product afkomstig van wattenstaafje en papier punt monsters samengevoegd voor elke patiënt. Voor edentate patiënten, waren er geen papier punt samples. Elk gezuiverd PCR-product, 500 ng, werd gelabeld met een Multiplex Identifier (MID) tijdens de Roche Rapid Bibliotheek voorbereiding stap. Vier MID-tag sequenties, die elk van de omstandigheden, werden in equimolaire concentraties en onderworpen aan emPCR en DNA-sequencing protocols zoals gespecificeerd door de aanbevelingen van de fabrikant voor de Roche 454 Jr. instrument.
Data-analyse
De verkregen sequenties werden gescheiden door hun respectieve Multiplex Identifier (MID) en geüpload naar de MG-RAST webserver [38]. De MG-RAST pijpleiding beoordeelde de kwaliteit van sequenties verwijderd korte sequenties (vermenigvuldiging van standaarddeviatie lengte cutoff van 2,0) en verwijderde sequenties ambigue bp (niet ACGT; maximum aantal dubbelzinnige basenparen werd ingesteld op 5). De pijpleiding geannoteerde de sequenties en liet de integratie van de data met eerdere metagenomic en genomische monsters. De RDP-database werd gebruikt als annotatie bron, met een minimale sequentie-identiteit van 97%, de maximale e-waarde cutoff bij 10 -5, en minimale volgorde lengte van 100 basen. Alpha diversiteit analyse is uitgevoerd MG-RAST.
Orthogonale transformatie van de geannoteerde rRNA genen hun hoofdcomponenten (PC) werd uitgevoerd met genormaliseerde abundanties [39, 40]. Normalisatie van de overvloed werd uitgevoerd identiek aan de procedure gebruikt door MG-RAST. Specifiek werden abundanties verhoogd met één, log2 getransformeerd, en gecentreerd op relatieve waarden produceren. Relatieve waarden werden genormaliseerd door ze te delen door de standaardafwijking van de waarden log2 [38]. De gegevens werden geplot op een 2-dimensionale wijding plot. Om de relatieve bijdrage van de microbiële soorten op het perceel te bepalen, laten we X geven de 16 door 578 (patiënten per soort) matrix van de genormaliseerde overvloed waarden. De matrix X werd gebruikt om een 16 x 16 matrix D van de afstanden tussen alle paren van onderwerpen. Principal coördineren analyse (PCOA, dat wil zeggen, multidimensionale schaling) werd bereikt door het uitvoeren van principale componenten analyse (PCA) op de matrix van afstanden, werd D. De Euclidische afstand metriek gebruikt om deze matrix te maken, maar deze statistiek geproduceerd resultaten vergelijkbaar zijn met die bij de alternatieve Bray-Curtis afstand werd gebruikt. Onderzoeken en visualiseren verschillen tussen de vier patiëntgroepen, de eerste twee hoofdcomponenten, PC1 en PC2, de afstand matrix D werden behouden. Om te bepalen welke soorten zijn het meest opvallend verantwoordelijk voor de groepen, de projectie van elke soort op de (PC1, PC2) -vlak berekend; deze soorten met de grootste uitsteeksels worden in het rechterpaneel van Fig. 3. Dat wil zeggen, deze figuur toont een biplot van de soorten die het meest sterk gecorreleerd PC1 en PC2.
Mann-Whitney-test (a = 0,05) gebruikt om significant verschil in genormaliseerde relatieve abundanties onderzoeken. De overvloed gegevens werden genormaliseerd op twee verschillende manieren: MG-RAST normalisatie zoals hierboven beschreven en ruwe abundanties genormaliseerd naar het totale aantal leest in een monster. Verschillen in alpha diversiteiten door aandoening werden bepaald met ANOVA. Tweezijdige t-test, uitgaande van ongelijke variantie, werden onderzoeken of er significant verschillend in de middelen (alpha = 0,05) was. Deze analyses werden uitgevoerd met SAS JMP.
Natriumhypochloriet experimenten
Volgens de eerder voorgestelde concentratie [41], natriumhypochloriet experimenten werden uitgevoerd met een 1:50 verdunning van de 6% bleekmiddel (Chlorox, The Clorox Company, USA), de "hypochloriet werkoplossing". De verdunning komt overeen met 16 mM NaOCl. Het neutraliseringsmiddel een natriumascorbaat buffer door de pH van een 23 mM ascorbinezuur oplossing met geconcentreerd NaOH tot pH 5,3
Drie monsters van tandplaque van een vrijwilliger onderging drie problemen:. (I) resuspensie in zoutoplossing, (ii) suspenderen in hypochloriet werkoplossing en (iii) resuspensie in hypochloriet werkoplossing die eerder werd geneutraliseerd met een gelijk volume van het ascorbaat buffer. Gesuspendeerd plaque monsters werden uitgezet op bloed agar platen.
Active chloorconcentratie werd ruw beoordeeld door jodium colorimetrie. Een colorimetrische oplossing bevatte 1 volume 0,1% gestabiliseerde zetmeeloplossing (Fisher Scientific) gemengd met 0,1 volume 1 M kaliumjodide. Twee volumes van de colorimetrische oplossing werd gemengd met 1 volume van de oplossing die NaOCl. Intens blauwe kleur aangegeven aantoonbaar actief chloor. Jodium colorimetrie werd gekalibreerd met een verdunningsreeks van de hypochloriet werkende oplossing met de volgende verdunningen 1: 200, 1: 400, 1: 800, 1: 1600, 0. De dilution1: 800 nog steeds toonde een zweem van blauw, terwijl de 1: 1600 was volledig kleurloos.
Resultaten
Demographics
Een totaal van 16 onderwerpen, 4 personen met elk van de beoordeelde orale omstandigheden werden opgenomen in de studie. Tien proefpersonen waren afkomstig uit Duitsland en 6 uit de U.S.A. .; 9 waren vrouwen en 7 mannen. De leeftijd van de deelnemers aan de studie varieerde 28-92 jaar. Personen met periodontitis had een mediaan van 34 plaatsen (15 tot 48) met PD van 4-6 mm en 5 plaatsen (bereik 4-26) met PD van 7 mm of meer, terwijl geen van de patiënten met cariës en geen van de gezonde proefpersonen had sites met PD van 4 mm of groter. Proefpersonen met cariës hadden een mediaan van 14 tanden (bereik 9-17) met gevestigde cariës, terwijl parodontitis en gezonde proefpersonen meestal cariës vrij waren (tabel 1) .table 1 Demografie van de patiënten populatie
Condition
Parameter
Healthy
Periodontitis
Caries
Edentulous
America/Europe
0/4
2/2
2/2
2/2
Male/Female
2/2
2/2
2/2
1/3
Ages
41 (31-52) een
47 (28-58)
39 (29-49)
77 (58-92)
Aantal tanden
27 (25-28)
28 (22-30)
28 (22-31)
0
ICDAS ≥ 4
0
0 (0-1)
14 (17/09)
-
PD ≤ 3 mm
100
62 (26-79)
100
-
PD 4-6 mm
0
34 (15-48)
0
-
PD ≥ 7 mm
0
5 (4-26)
0
-
ICDAS
International cariësdetectie en Assessment System, 4
duidt opgericht verval (dentine schaduw), PD
pocketdiepte
aMedian (min-max)
Microbiële handtekeningen
De gemiddelde (± std ) aantal 16S rRNA amplicons sequenties per individuele mondelinge microbiota was 13.104 ± 5533 (Extra file 1: Tabel S1). De lengte en GC inhoud van de sequenties was gelijk voor alle personen: 514 ± 10 bp en 53 bp ± 1 resp. Vergelijking van het aantal sequenties, volgorde lengte of GC-gehalte bleek geen significante verschillen door orale aandoening of geslacht, wat wijst op een evenwichtige dataset. De verdunning curve van de meeste monsters benaderde verzadiging, wat aangeeft voldoende leest voor vergelijkingen door conditie en geslacht (afb. 1). Fig. 1 verdunning krommen verkregen met behulp van RDP-database met 97% gelijkenis, 100 bp minimum uitlijning en e-waarde van 10-5. Zie tabel 2 voor labels
Alpha diversiteit van de orale microbiome bij parodontitis patiënten was significant (p & lt; 0,05) hoger in vergelijking met die gevonden in patiënten met cariës en tandeloze onderwerpen. Hoewel de mondelinge microbiome was meer divers in parodontitis patiënten in vergelijking met gezonde proefpersonen, het verschil miste statistische significantie (p = 0,06) (afb. 2). De samenstelling van de orale microbiome bij personen met parodontitis was duidelijk verschillend van die van alle andere orale aandoeningen. Met name de periodontitis staat was grotere abundanties van Bacteroidetes (32%), Fusobacteriën (7%), spirocheten (5%) en Synergisetes (1%) en minder Actinobacteria (14%) (fig. 3). Actinobacteria waren zeer overvloedig in de orale microbiome gezonde (28%) en edentate proefpersonen (34%), gevolgd door Firmicutes, die zich in dichtheden van 22% en 30% respectievelijk (fig. 3). Patiënten met bederf vertoonden iets lagere dichtheden van Actinobacteria (19% vs. 29%) en iets grotere abundanties van Fusobacteriën (5% vs 3%) in de orale microbiële vergelijking met gezonde proefpersonen (fig. 3). Fig. 2 Microbiële soortenrijkdom verschillen tussen de vier mondelinge omstandigheden. Getoond worden de ruwe data, gemiddelde en standaarddeviatie. (* P = 0,06, ** p & lt; 0,05, *** p & lt; 0,001, T
-test)
Fig. 3 Procent overvloed aan microben door phylum en conditie
"Het rode complex"
Een wijding plot op basis van de 16S rRNA genen bleek dat de orale microbiomes bij patiënten met parodontitis, edentulism of mondgezondheid gevormd verschillende groepen (Fig. 4, linker paneel). De wijding plot verklaarde 78% van de waargenomen variabiliteit. Deze resultaten, samen met de hoge diversiteit waarden suggereren dat orale microbiome bij personen met parodontitis, edentate patiënten en gezonde proefpersonen waren zeer verschillend van elkaar. Permutation MANOVA (pseudo F test, refs. [42, 43]) toonde significante verschillen in microbiële soort abundances tussen de vier mondelinge omstandigheden (Bonferroni aangepaste p-waarde van 0,0083). De Bonferroni correctie betrekking tot de 6 vergelijkingen, d.w.z. alle paren van de 4 groepen. Om te bepalen of het "rode complex" bacteriën (P. gingivalis
, T. denticola Kopen en T. forsythia
) waren absolute determinanten voor de microbiële ondertekening van parodontitis, de abundanties van deze organismen werden verwijderd van de originele data set. Niet-parametrische MANOVA en coördinatie plot analyse van de termijn zonder "red complex" bacteriën niet de figuur bevindingen niet wijzigen gegevens. 4a of de p-waarde. Fig. 4 Links
panel: PCOA wijding plot van de 16 humane orale monsters per aandoening. Voorwaarde: rode en, parodontitis; blauw en, cariës; zwart en, tandeloze; groen
, gezond. Rechts
panel: Projectie grote microbiële species die bijdragen tot de Groepen in projecteren boven 23 dragen bacteriën op de PCOA perceel (d.w.z. biplot) toont de relatieve bijdrage van bacteriën aan de ordening (Figuur 4, rechts.). Aangezien zij de biplot was overwegend illustratief, het aantal getoonde soorten, 23, werd willekeurig gekozen op basis van de bovenste staart van het histogram van projectie afmetingen (aanvullende bestandsinformatie 1: Figuur S1). P. endodontalis, Prevotella intermedia, T. vincentii, Kopen en een onbeschaafde Porphyromonas
sp. bleken bij te dragen aan de microbiële samenstelling parodontitis terwijl een complex van P. melaninogenica, Fusobacterium nucleatum, blz catoniae, Capnocytophaga ochracea Kopen en C. sputigena, C. gingivalis, Haemophilus parainfluenzae en Neisseria elongata
bijgedragen aan de microbiële samenstelling van oraal gezonde proefpersonen. Leden van de Streptococcus Kopen en Lactobacillus
werden geassocieerd met edentulism. Ondernemingen De species die bijdragen aan de verschillen in diversiteit en de groepen in de ordening grafiek zijn weergegeven in Tabel 2. Negenentwintig van de 587 microbiële species hadden hogere dichtheden bij patiënten met parodontitis dan die in de andere voorwaarden geëvalueerd. In de gezonde proefpersonen, 10 van de 587 microbiële species gevonden in hogere abundanties vergeleken met de niet-gezonde proefpersonen (tabel 3) .table 2 Bacteriële species die aanzienlijk verschillen abundanties (%) tussen individuen met de niet-periodontitis had (NP , bijvoorbeeld, gezonde, cariës, tandeloze) en parodontitis (P) abundanties op basis van Mann-Whitney-test (alpha = 0,05)
Stam /klasse
Genus /soorten
NP
P
Actinobacteria
Atopobium vaginae
0,01
0,35 *
Actinomyces Georgiae
0.05
0.35 **
Actinomyces meyeri
0,10
0.49 **
Bacteroidetes
Porphyromonas endodontalis
0.12
2,91 *
onbeschaafde Porphyromonas sp.
0.04
1,26 *
Porphyromonas gingivicanis
0.00
0.04 **
Tannerella forsythia
0.20
0,83 *
Prevotella intermedia
0.12
3,23 *
Prevotella pallens
0,14
0.85 *
Prevotella pleuritidis
0.00
0,01 **
Prevotella salivae
0.20
0.74 **
Firmicutes /Clostridia
Parvimonas micra
0.12
1,19 *
Eubacterium saburreum
0.07
0,28 *
Pseudobutyrivibrio xylanivorans
0.00
0,06 *
Peptostreptococcus anaerobius
0,07
0,50 *
Firmicutes /Negativicutes
Megasphaera micronuciformis
0.12
0,92 *
Fusobacteriën
Leptotrichia wadei
0,10
0.32 **
Proteobacteriën /Deltaproteobacteria
uncultured Desulfobulbus sp.
0.00
0,02 *
Proteobacteriën /Epsilonproteobacteria
Campylobacter rectus
0.03
0.14 *
Campylobacter concisus
0.03
0.07 **
spirochaeten /Spirochaetales
Treponema denticola
0.07
1.60 *
Treponema maltophilum
0.01
0.25 *
Treponema medium
0.03
0,29 *
Treponema socranskii
0.05
0,21 *
Treponema sp.
0.03
0,10 *
Treponema vincentii
0.07
0,71 *
Treponema pectinovorum
0.00
0.04 **
Synergistetes
Synergistetes bacterie SGP1
0,05
0,23 *
Aminobacterium colombiense
0.01
0.05 *
* Significant verschil met beide normalisatie methoden (bijv werden ruw species abundanties log2 getransformeerd genormaliseerde relatieve waarden ((onbewerkte waarden-gemiddelde) /std produceren) versus abundances genormaliseerd naar het totale aantal scant het monster)
** significant verschil abundanties met gegevens alleen genormaliseerd naar het totale aantal scant het monster
Tabel 3 Microbiële species die aanzienlijk verschillen abundanties (%) tussen individuen met de niet-gezonde (NH had; parodontitis, cariës, tandeloze) en gezonde (H) abundanties op basis van Mann-Whitney-test (alpha = 0,05)
Stam /klasse
Genus /soorten
NH
H
Actinobacteria
Micrococcus lylae
0.00
0.03 **
Bacteroidetes
Prevotella marshii
0,01
0.09 **
Firmicutes /Bacilli
Abiotrophia para-adiacens
0,22
0,60 **
Granulicatella elegans
0.20
0,66 *
Granulicatella adiacens
0,60
1,27 **
Streptococcus iniae
0.04
0,15 *
Firmicutes /Negativicutes
Selenomonas ruminantium
0.00
Fig. Alle auteurs gelezen en goedgekeurd het definitieve manuscript.
